PDF《技术审评报告》

1/27 受理号:CSZ1700089 体外诊断试剂产品注册技术审评报告产品中文名称:人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因 突变检测试剂盒(半导体测序法) 产品管理类别:第三类 申请人名称:天津诺禾致源生物信息科技有限公司 国家食品药品监督管理总局 医疗器械技术审评中心 2/27 目录基本信息

3

一、申请人名称

3

二、申请人住所

3

三、生产地址

3 产品审评摘要

4

一、产品概述

4

二、临床前研究摘要

7

三、临床评价摘要

14

四、风险分析及说明书提示

22 综合评价意见

27 3/27 基本信息

一、申请人名称 天津诺禾致源生物信息科技有限公司

二、申请人住所 天津市武清开发区创业总部基地 B07-B09

三、生产地址 天津市武清开发区创业总部基地 B07-B09 4/27 产品审评摘要

一、产品概述

(一)产品主要组成成分 表1试剂盒主要组成成分 试剂盒名称 组分名称 规格 数量 文库构建试剂 盒 反转录缓冲液 106μL/管 1管 反转录酶混合液 53μL/管 1管 PCR酶混合液 423μL/管 1管 消化酶 212μL/管 1管 DNA连接酶 212μL/管 1管 DNA连接酶缓冲液 423μL/管 1管 DNA阳性质控品 5μL/管 1管 RNA阳性质控品 5μL/管 1管 DNA阴性质控品 5μL/管 1管 RNA阴性质控品 5μL/管 1管 DNA扩增引物混合液 212μL/管 1管 cDNA扩增引物混合液 212μL/管 1管 P1接头 53μL/管 1管 特异性接头1-48 2μL/管48管 文库定量试剂 盒 文库定量混合液 1130μL/管 1管 文库定量探针反应液 113μL/管 1管 文库定量标准品 20μL/管 1管 模板制备试剂 盒 乳液PCR缓冲液 2mL/管 2管 乳液PCR酶反应液 264μL/管 1管 模板载体溶液 220μL/管 1管 模板制备溶液 盒 模板制备油 60mL/瓶 2管 破乳液 660μL/管 1管 模板反应油 440μL/管 1管 无核酸酶水 8mL/瓶 1管 吐温溶液 616μL/管 1管 模板回收液 47.

5mL/瓶 1管 模板清洗液 2mL/管 1管 C1磁珠清洗液 1.1mL/管 2管 C1磁珠重悬液 286μL/管 1管 模板重悬液 176μL/管 1管 耗材盒 扩增板 1块/袋 2袋 5/27 模板制备过滤器 1个/袋 2袋 芯片 1片/袋 2袋 测序试剂盒 dGTP 80μL/管 1管 dCTP 80μL/管 1管 dATP 80μL/管 1管 dTTP 80μL/管 1管 测序酶溶液 14μL/管 1管 测序引物 44μL/管 1管 质控模板 12μL/管 1管 测序溶液盒 测序溶液B 125mL/瓶 1瓶 测序溶液C 60mL/瓶 1瓶 退火缓冲液 1.2mL/管 2管 载样液 24μL/管 1管 发泡剂 4μL/管 1管 清洗片剂 1片/袋 1袋 文库纯化磁珠 5mL/瓶 1瓶 文库洗脱液 5.5mL/瓶 1瓶 C1磁珠 220μL/管 1管 试剂盒具体组成成分及配套试剂及软件见说明书.

(二)产品预期用途 该产品用于定性检测非小细胞肺癌(NSCLC)肿瘤组织 福尔马林固定石蜡包埋切片(FFPE)样本中 EGFR、KRAS、 BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1 基因的多种变异.其中 EGFR 基因的 L858R 及19 号外显子缺失(19del)突变用于吉非替 尼片的伴随诊断检测, T790M 突变用于甲磺酸奥希替尼片的 伴随诊断检测, ALK 融合和 ROS1 融合用于克唑替尼胶囊的 伴随诊断检测(具体可参照表 2) . 表2伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物 靶向药物 基因及变异类型 吉非替尼片 EGFR:19del、L858R 甲磺酸奥希替尼片 EGFR:T790M 克唑替尼胶囊 ALK融合、ROS1融合 表3中为该产品可以检出,但未经伴随诊断验证的基因 6/27 突变类型. 表3未经伴随诊断验证的基因突变类型 基因名称 突变类型 EGFR L861Q,S768I,20ins,G719X BRAF V600E KRAS G12X,G13D PIK3CA E542K,E545K,H1047R,H1047L 其检测结果仅供临床参考,不应作为患者个体化治疗的 唯一依据.临床医生应结合患者病情及其他实验室检测指标 等因素对检测结果进行综合判断.

(三)产品包装规格

48 测试/盒.

(四)产品检验原理 该产品采用多重 PCR 捕获技术和半导体测序技术, 对非 小细胞肺癌(NSCLC)肿瘤组织福尔马林固定石蜡包埋切片 (FFPE)样本中提取的脱氧核糖核酸(DNA)及核糖核酸 (RNA)进行提取纯化,然后采用多重 PCR 技术富集目标 区域的 DNA 和cDNA 片段,并对富集后的文库进行定量与 质控,最后将经定量的文库用基因测序仪(型号: DA8600, 中山大学达安基因股份有限公司生产,注册证号:国械注准 20143401961)进行高通量测序,从而得出目标区域的 DNA 和RNA 序列信息,通过配套软件与人类基因组数据库进行 比对判断是否发生突变或融合. 7/27

二、临床前研究摘要

(一)主要原材料 1. 主要原材料的选择 该产品的主要原材料包括: DNA 扩增引物混合液、 cDNA 扩增引物混合液、阴阳性质控品、反转录酶、DNA 连接酶、 PCR 酶、测序芯片等,这些原材料均为外购方式获得.DNA 和cDNA 扩增引物混合液均为申请人自行设计后由专业的供 应商合成、修饰、纯化后获得;

阴阳性质控品由细胞系供应 商提供,并由申请人提取 DNA 和RNA 定量稀释后制得;

其 它原材料均为供应商按照原材料技术要求提供.申请人对主 要原材料进行了供应商选择,通过功能性试验,筛选出最佳 原材料供应商,制定了各主要原材料技术要求和质量标准并 经检验合格. 2. 企业参考品和质控品设置情况 企业参考品包括阳性参考品、阴性参考品、检测限参考 品和重复性参考品.其中: 阳性参考品共

39 份,涵盖了该产品可检出的所有突变 或融合,其中

22 份来自于临床样本(19 份DNA 样本,3 份RNA 样本) ,其余来自于购买的细胞系(13 份DNA 样本,4 份RNA 样本) .这39 份参考品均用数字 PCR 和NGS 方法 验证并确定了突变频率或融合拷贝数. 阴性参考品共

12 份,包括

1 份大肠杆菌样本,2 份正常 8/27 人血液样本,1 份人类野生型细胞系样本和

8 份携带待测基 因检测范围外突变的临床样本(其中 EGFR 突变样本

2 份, KRAS 突变样本

2 份,PIK3CA 突变样本

1 份,BRAF 突变 样本

1 份,ALK 融合样本

1 份,ROS1 融合样本

1 份) .这12 份样本均用数字 PCR 和NGS 方法验证为相关突变阴性. 检测限参考品总共

39 份,为阳性参考品在相关检测项 目进行前以阴性参考品中的人类野生型细胞系样本核酸稀 释获得, 涵盖了该产品可检出的所有突变或融合. DNA 检测 限参考品稀释后突变频率为 5%;

RNA 检测限参考品稀释后 融合拷贝数为

100 融合拷贝/30ng. 重复性参考品总共

4 份(DNA 样本

3 份,RNA 样本

1 份) ,每份重复性参考品由

2 份阳性参考品等质量混合而成, 即每份重复性参考品携带两种待测突变或融合.重复性参考 品涵盖了可检测的所有突变或融合类型. 该产品的阴阳性质控品来源于细胞系样本的核酸,其中 DNA 阳性质控品来源于细胞系 H1975 的DNA,携带 EGFR 基因 L858R 和T790M 突变,RNA 阳性质控品来源于细胞系 H2228 的RNA,携带 ALK 基因融合,两份阴性质控品来源 于H1299 细胞系的 DNA 和RNA.阴阳性质控品均经数字 PCR 方法验证基因变异情况,用于检测过程中试剂和仪器的 质量控制.

(二)生产工艺及反应体系研究 9/27 申请人通过对试剂主要生产工艺的研究,确定了最佳生 产工艺. 申请人通过使用初步确定的配方对反应体系中的反转 录试验时间、 PCR 酶配制比例、 合适的扩增引物混合液用量、 DNA/RNA 模板用量、PCR 循环数、DNA/cDNA PCR 退火延 伸时间和温度、接头用量、DNA 连接酶连接时间、4 种碱基 浓度、 模板制备上样量等进行筛选和优化, 通过功能性试验, 最终确定了最佳的反应体系.

(三)分析性能评估 分析性能评估内容包括阴阳性参考品符合率、分析灵敏 度(检测限) 、分析特异性和干扰物质、重复性、核酸提取 纯化配套试剂组合性能研究等. 在阴阳性参考品符合率实验中,采用........