PDF《和DXS7423 基因座遗传多态性》

Genetic distance;

Guangxi Maonan ethnic group 短串联重复序列 (Short tandem repeats, STR) 由于具有高度多态性,信息含量高,检 测简便、快捷等优点,因此在遗传连锁图谱绘制、疾病相关基因定位、克隆以及群体遗传 学、 法医学等领域具有重要的应用价值. 而来自 X 染色体的 STR (X chromosome, X-STR) 基因座由于其具有独特的伴性遗传特征,引起了相关领域特别是法医学领域工作者的重 视, 并且已经应用在某些特殊和复杂的法医学鉴定案例中, 比如父女关系的单亲亲权鉴定、 缺乏双亲的同父异母的半姐妹及隔代亲缘关系认定等方面,具有其他染色体无法比拟的优 势[1] ,是常染色体和 Y 染色体 STR 基因座的重要补充,而且在 X 连锁遗传病的基因诊断 和基因定位以及人类学研究中具有重要意义. 然而,目前研究的 X-STR 基因座数量有限,其群体分布、突变率、连锁平衡和基因 结构变异等方面的信息也不够丰富, 因此, 寻求适合我国不同民族的特异性 X-STR 基因座, 进而对更多群体的 X-STR 基因座多态性进行研究是有必要的 [2] .本研究选取的广西毛南 族人群来自广西壮族自治区环江县,为广西的土著民族之一,与当地其他各族群之间相对 隔离,历史背景及地理环境特殊,是进行人类基因组多样性研究的理想人群.因此,本文 通过分子生物学技术,探讨广西毛南族群体

4 个X-STR 基因座的遗传多态性,可为人类 群体遗传学、法医学等研究提供广西毛南族群体 X-STR 基因座的基础数据,丰富中华民 族基因数据库.

1 材料和方法 1.1 实验样本 根据 知情同意 原则,采集广西环江三代以上均为毛南族的

167 名(女57,男110)无关个体的静脉血样各约 0.1ml,滴入滤纸,干燥后常温保存. 1.2 试剂与仪器 AGCU X12 STR 荧光检测试剂盒(无锡中德美联公司),9700 型扩增仪和

3130 型 遗传分析仪(美国 AB 公司). ? ?

399 ? 1.3 X-STR 分型 打孔器取得血斑样本后,采用 10?L 体积进行 PCR 扩增,体系组成为:基因组 DNA 1.0mm 孔径滤纸,Reaction Mix 4.0?L,Primers 2.0?L, 热启动 C-Taq 酶0.3?L,sdH2O 补水 至10.0?L.PCR 条件为:预变性 95℃ 2min;

94℃ 60s,58℃ 60s,72℃ 60s,30 个循环;

60℃ 60min;

4℃保温.PCR 产物变性后在

3130 型遗传分析仪上进行毛细管电泳,用GeneMapper ID v3.2 软件对基因座 DXS

7133、DXS

8378、DXS

6789、DXS7423 和性别基 因座 Amelogenin 进行分型.分别采用 X-Allelic Ladder 和AGCU Marker SIZ-500 作为等位 基因阶梯和荧光分子量内标. 1.4 数据统计分析 采用直接计数法观察

4 个基因座的等位基因频率和基因型频率, 利用在线软件 (http:// www.chrx-str.org)计算多态信息含量(polymorphism information content,PIC)、男性个 体识别力(discrimination power in males,DPM )、女性个体识别力(discrimination power in females,DPF )、父-母-女三联体非父排除率(mean exclusion chance in standard trios involving daughters,MECtrio)、 父-女二联体非父排除率(mean exclusion chance in father/daughter duos,MECduo)[3] .采用 χ2 检验对女性基因型频率进行 Hardy-Weinberg 平 衡吻合度检验.用Phylip3.69 统计不同群体之间的 Nei 氏遗传距离,并根据该遗传距离用 MEGA 5.0 软件构建系统进化树(UPGMA 法).

2 结果与分析 2.1 等位基因频率分布

167 名广西毛南族无关个体中 ,DXS

7133、DXS

8378、DXS6789 和DXS7423 等4个X-STR 基因座分别检出