PDF《鱼类肠道微生物总 DNA的提取》

第 3卷 第 3期

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1 0 年5月水生态学杂志JournalofHydroecologyVol.

3,No.3May,2010收稿日期:

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0 9 基金项目: 湖北省教育厅重点项目( D

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7 ) . 通讯作者: 刘军,

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7 6年生, 男, 副教授, 博士, 研究生导师, 研究 方向为水产养殖.E- m a i l : l i u j u n i h b @y a h o o . c o m . c n 作者简介: 汪明,

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8 5年生, 女, 硕士研究生, 研究方向为水产动 物营养与饲料学. 鱼类肠道微生物总 D N A的提取 汪明, 刘军, 陈爱敬, 赵胜军, 黄峰, 刘立鹤 ( 动物营养与饲料科学湖北省重点实验室, 武汉工业学院, 湖北 武汉

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2 3 ) 摘要: 尝试提取鲫( C a r a s s i u s a u r a t u s ) 肠道菌群总 D N A , 为研究鱼类肠道菌群结构提供依据.以鲫肠道内容物为 样本, 用PBS多次洗涤, 离心样品, 沉淀菌体.使用试剂盒法提取肠道菌群总 D N A , 电泳结果显示, 样品 D N A条 带明亮, 无降解现象, 可用于后续分子生物学试验研究;

通过设计的细菌通用引物, 对其

1 6 Sr D N A基因进行 P C R 扩增, 得到较清晰的图谱, 条带整齐;

表明采用该方法提取鱼类肠道微生物群落的 D N A较为简单、 准确、 可行. 关键词: 鲫;

肠道细菌;

D N A提取 中图分类号: Q

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3 文献标志码: A 文章编号:

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7 5 (

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0 4 鱼类肠道正常菌群是肠道微生物与宿主以及所 处水生环境形成的相互依赖、 相互制约的微生态系 统, 对营养物质的消化吸收、 免疫反应以及器官的发 育等方面具有其他因素不可替代的作用, 并且影响 到鱼类的生长、 发育、 生理和病理( 宋增福和吴天 星,

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0 7 ) .这些菌群的分离和鉴定对于研究肠道 菌群功能及与机体的相互关系非常重要, 传统的方 法都局限于从培养基中分离得到微生物, 然后通过 生理生化性状、 特定的表型进行分析;

这样所得到的 检测结果非常容易受到操作方法的影响, 而且还会 常常低估肠道菌群的数量和多样性, 不能全面反映 肠道微生物之间及微生物与宿主间的真实相互关系 ( A a n ne t a l ,

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9 5 ) . 随着现代科技的快速发展, 大量分子生物学技 术应用于肠道微生物态学的研究中 ( Wa r de t a l ,

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9 0 ;

We i d n e r e t a l ,

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9 6 ;

R o n d o me t a l ,

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0 0 ) .这 种新的分析方法, 只需从混合的微生物样品中提取 总DNA,得到若干个基因组的混合物, 然后通过 D N A指纹图法、 分子杂交法、 克隆建库法等分子标 记技术, 分析混合物中不同基因组的多态性来反映 样品微生物种类组成.但多数研究还是还沿用传统 的DNA制备方法即酚/ 氯仿抽提法提取肠道微生物 总DNA;

并且利用分子生物学技术研究水产动物肠 道微生物多样性的报道尚不多见.有鉴于此, 本文 以鲫( C a r a s s i u s a u r a t u s ) 为研究对象, 尝试探讨一种 较为简单易行的鱼类肠道微生物群落 D N A提取方 法, 为其分子生态学的研究奠定基础.

1 材料与方法

1 .

1 样品准备 4尾健康鲫(

1 1 . 7±

2 .

0 )g 于2008年

1 0月随 机挑选自武汉工业学院水产实验室水族箱, 取样时 测定水温为

2 6 ℃.实验鱼全程投喂自制日粮, 每天 投喂 2次, 在取样当日9∶0

0 投喂后, 于1 5∶1

0 进 行取样.取样时用纱网迅速将鱼从水族箱中捞出, 剪刀敲击头部致死, 随后将鱼置于灭菌塑料密封袋 内冰浴;