PDF《测序技术的个体化医学检测》

68 13.1 NGS 检测实验室的资质要求.69 13.2 实验室的设施与设备及整体要求.69 13.3 实验室的质量控制管理体系评估.70 13.4 SOP 编写.71 13.5 实验室的检测报告与服务效率.72 13.6 实验室人员培训.72 附录 A 目前市场主流测序平台的主要性能与技术参数比较.73 附录 B 面向公众开放的 NGS 数据分析软件包.74 附录 C NGS 检测实验室评估表

76 参考文献

78 1 1. 摘要 采用测序技术进行基因分型已经从实验室研究进入了临床应用和个体化医 学指导. 测序是对复杂基因变异类型进行基因分型的首选检测技术,特别是对当 数以百计或数千的较长基因序列进行检测分析更有优势. 本指南针对使用自动毛 细管电泳 Sanger 测序技术和新一代测序技术的测序项目,制定了样品采集和处 理测序过程、序列比对和组装、检测确认和验证、持续的质量保证以及结果报告 等各项标准. 关键词 毛细管电泳;

Sanger 测序;

大规模平行测序;

新一代测序;

聚合酶链反应;

基因 检测,质量控制. 2. 本指南适用范围 本指南由国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定,是国家卫 生计生委个体化医学检测指南的重要内容, 旨在为基于测序技术的个体化医学检 测应用提供标准化指导.本指南的主要适用对象为所有采用基因测序的方法、开 展个体化医学分子检测的临床检验实验室. 鉴于测序技术一直在不断升级和更新,因此本指南的技术标准尽可能针对 所有的测序平台,所讨论和描述的问题不仅限于某一个特定的测序平台. 本指南对于测序技术和序列结果的解读提供通用指南,但不包含针对某一 项特定的临床应用项目提供具体的测序技术和数据分析标准以及结果解读意见. 本指南适用于胚系突变 (germline mutation) 、 体细胞突变 (somatic mutation) 以及微生物基因组相关的个体化医学检测. 3. 简介 测序技术是用于分子诊断中基因分型的重要手段,目前常规应用于遗传病 的诊断与携带者筛查、感染性疾病病原微生物(例如 HIV、HCV 等)的基因分 型、器官移植时的 HLA 高分辨率分型、肿瘤的遗传背景筛查及个体化用药基因 检测等. 这些基因测序项目绝大多数都属于实验室自主研发项目,因此需要对样

2 品处理、检测步骤、质量保证和质量控制、以及数据解读等测序全过程进行标准 化,才能确保所获得的序列和结果分析能够用于指导临床决策. 除了经典的基于双脱氧终止和毛细管电泳技术的 Sanger 测序技术,近年来 新一代测序(NGS) ,又称大规模平行测序(MPS) ,已经发展成为重要的临床基 因分析技术.目前基于 NGS 的临床应用也越来越多,例如针对遗传性疾病的多 基因检测组合 (multigene panels) 、 针对一些具有重要临床意义的低含量突变 (例如HIV 耐药基因突变) 、特别是针对肿瘤的 NGS 检测,覆盖多个肿瘤相关基因、 检测低含量的突变, 对于肿瘤的精准和分层诊断、靶向药物的选择等都具有重要 临床指导意义.当测序价格更低、数据分析更全面后,表观遗传学、微生物基因 组、宏基因组学等都将在临床应用中发挥重要作用.鉴于 NGS 技术流程的复杂 性,在测序平台确认、测序过程、结果确认、数据分析和管理、以及质量控制参 数等方面也提出了更高的要求. 从测序仪获得的原始数据可以转换成用于临床解读的 DNA 序列, 这就需要 同时配备专业的技术人才、 临床专家和信息分析专家, 而且对场地和环境要求高. 目前很多大中型医学实验室已经开始使用 NGS 开发各种检测项目,包括遗传疾 病诊断, 癌症和传染性疾病基因检测等.其他还有可能用于临床的检测项目还包 括全基因组甲基化分型、微生物组、宏基因组/泛基因组,以及转录组测序等. 4. 标准声明/警告 由于难以判断哪些类型的样品具有传染性,所有受检对象和临检样品都应 视为具有传染性. 实验室的生物安全性非常重要,临检操作中样品的采集和处理 过程中应遵循 GB 19781-2005《医学实验室安全要求》 、GB 19489-2008《实验室 生物安全通用要求》和卫生部《微生物和生物医学实验室生物安全通用准则》 , 确保实验工作人员的安全和实验活动的顺利进行, 避免对检测工作人员和环境可 能造成的危害. 5. 标准术语和缩略语 5.1 标准术语 5.1.1 基因