PDF《3.2.23 核磁谱图数据库》

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2.23 核磁谱图数据库 数据库介绍:核磁谱图数据库属上海有机所化学数据库系统的一部分,本数据库共收录两种核磁共振波谱的谱 图:标准谱与特征谱.其中标准谱只有碳谱CNMR,特征谱则包括了氢谱HNMR、碳谱CNMR、氧谱ONMR、 氮谱NNMR等多个类别.标准谱原则上包括了化合物的全部谱峰,特征谱则可能只有化合物的部分谱峰. 用户可通过化合物检索,也可以通过上传谱图文件,或者输入谱峰来检索. 检索方式与示例: 1)化合物检索 由于数据库谱图来源不同,故所有检索都可以选择 标准谱 和 特征谱 ,两种来源至少 选择一种,可以全选.还可以选择谱图类型,比如 CNMR、HNMR 或者是任意类型. 特征谱和标准谱的差别:标准谱原则上包括了所有测量区域的谱峰,而特征谱可能包括部分或者全部谱峰. 图3.2.23.1 化合物检索核磁谱图 图3.2.23.2 化合物名称检索核磁谱图的结果 对每一种名称均可进行模糊检索或者精确检索.如图 3.2.23.1,输入 gly% 模糊检索所有名称含有 gly (例1) ,检索结果如图 3.2.23.2. 关于谱图显示的特别提示: 页面的谱图需要使用 java applet 显示,如果页面跳出了窗口显示 java 过期的信息,如图 3.2.23.3 所示, 则点击按钮运行一次,即可正常显示谱图. 图3.2.23.3 java 过期的提示(Chrome 浏览器) 如果 java 已经更新到了最新版本,则可能跳出程序运行的安全警告窗口,请在窗口中点击运行即可.如图 3.2.23.4 所示. 图3.2.23.4 提示 java 运行的窗口 有些用户在把 java 更新到了 1.7.10 版本以后,出现 您的安全设置已阻止不可信应用程序运行 的提示,如 下图: 图3.2.23.5 java 安全设置里阻止本网站程序运行的窗口 对于这种情况,请用户在 java 控制面板中配置安全设置,该设置需要 java 更新到 Java

7 Update 51. ? 如何打开 Java 控制面板? Windows

8 ? 使用搜索来查找控制面板 ? 按Windows 徽标键 + W 以打开搜索框来搜索设置, 或者将鼠标指针拖动到屏幕的右下角, 然后单击 搜索图标. ? 在搜索框中输入 Java 控制面板 ? 单击 Java 图标以打开 Java 控制面板. Windows

7、Vista ? 单击开始按钮,然后单击控制面板选项. ? 在控制面板搜索中输入 Java 控制面板. ? 单击 Java 图标以打开 Java 控制面板. Windows XP ? 单击开始按钮,然后单击控制面板选项. ? 双击 Java 图标以打开 Java 控制面板. Mac OS X 10.7.3 和更高版本 ? 单击屏幕左上角的 Apple 图标. ? 转到系统偏好设置 ? 单击 Java 图标以访问 Java 控制面板. 图3.2.23.6 java 控制面板的 安全选项卡 ? 如何设置 Java 安全选项的例外站点? 1. 在Java 控制面板中,单击 Security(安全)选项卡. 2. 在例外站点列表下方,点击编辑站点列表,打开站点编辑窗口: 图3.2.23.7 java 控制面板的 安全选项卡 添加例外站点 3. 点击添加按钮,逐条输入本网站的网址或者 ip 地址, 然后点击确定: 1. http://www.organchem.csdb.cn 2. http://chemdb.sgst.cn 3. http://202.127.145.134 图3.2.23.8 java 控制面板的 安全选项卡 添加例外站点 4. 然后在跳出来的安全警告窗口点击继续: 图3.2.23.9 java 控制面板的 安全选项卡 确认添加例外站点 5. 在java 安全选项卡里点击确定保存更改. 图3.2.23.10 java 控制面板的 安全选项卡 确认修改 确认 java 设置妥当后,就可以正常查看化合物的核磁谱图和结构图了,如图 3.2.23.11. 图3.2.23.11 浏览化合物的核磁谱图 除了化合物名称,还可以检索 CAS 号码和 SRN 号码,可以选择谱图 任意类型 ,如图 3.2.23.12. 图3.2.23.12 SRN 号码检索 图3.2.23.13 SRN 号码检索的结果 图3.2.23.13 中,可以看到 Glycine 有1个CNMR 标准谱、2 个CNMR 特征谱和一个 HNMR 特征谱.点击HNMR 特征谱峰的链接,可以看到特征谱.注意这是特征谱,而非标准谱.只有一种邻接原子的 H 的数据. 图3.2.23.14 只含有部分数据的特征谱 图3.2.23.15 通过化合物结构检索核磁 图3.2.23.16 苯甲醛的标准 CNMR 谱图 图3.2.23.17 苯甲醛的特征 CNMR 谱图 2)化合物结构检索 可在打开的 jme 界面中输入化合物结构,如图 3.2.23.15,输入苯甲醛. 化合物结构检索的过程:首先检索结构,获取化合物信息,然后查找化合物的全部核磁谱图,包括标准谱 和特征谱.结构检索没有模糊匹配. 苯甲醛的标准 CNMR 谱和特征 CNMR 谱分别如图 3.2.23.16 和3.2.23.17.从数据中可以看到,不同的测 试条件下实验数据会略有差别. 3)上传谱图文件检索 可以上传文本格式的谱图数据文件,然后设置容许误差和峰的匹配方式. 注意:用于检索的核磁数据只需要化学位移值,每一行一个化学位移值,文件中除了数据外无其他字符. 谱图数据格式如图 3.2.23.18 所示,检索参数如图 3.2.23.19. 42.3 173.3 图3.2.23.18 用于检索的谱图文件与数据格式 图3.2.23.19 上传谱图文件检索核磁 检索参数: ? 容许误差包括了正负误差,一个样本谱峰的化学位移与目标谱峰的误差在容许误差范围内,则此谱峰 匹配成功. ? 容许误差,最小±0.01(含),最大±2(含).共有

7 个量级可供选择. ? 峰的匹配方式包括两种,被检索的目标谱峰的数目可以多于用户提交的样本谱峰的数目,或者完全一 致. ? 匹配峰的数目,是以用户提交的样本谱作为计算基数的.如果目标谱有 n(n>

1)个原子的谱峰 与1个样本谱匹配,则视为这 n 个谱峰都匹配成功,此时样本匹配谱峰数+1,而不是+n. ? 一次成功的谱峰检索要求样本谱的所有谱峰都匹配成功.如目标谱没有其他未匹配成功的谱峰, 即 目标谱峰与样本谱峰一致 ,否则就是 目标谱峰多于样本谱峰 . ? 如图 3.2.23.22 所示,2 号和

4 号原子与 173.3 的样本谱匹配,则认为样本谱中 173.3 的匹配成 功.同时,目标谱的 42.8 与样本谱的 42.3 误差=0.5,也认为匹配成功. 图3.2.23.20 上传谱图文件检索核磁的结果 图3.2.23.21 上传谱图文件检索核磁的结果 图3.2.23.22 上传谱图文件检索核磁的结果 4)输入谱峰检索 输入谱峰数据, 是指输入化学位移值. 参数的意义与设置同上节. 如图 3.2.23.23. 本 例中选择只检索标准谱.其检索速度比同时检索两种谱要快. 图3.2.23.23 输入谱峰检索核磁 图3.2.23.24 输入谱峰检索核磁的结果 ........