DOC《“Discovery Studio民族药物设计筛选软件系统”的技术参数》

"Discovery Studio民族药物设计筛选软件系统"的技术参数 一般要求 国际通用、技术成熟的商用软件.

技术参数 *所有功能模块为原厂商开发并整合在统一的软件图形界面下使用;

软件必须为标准"客户端-服务器"架构,两端同时支持Windows和Linux操作系统,所有模块都支持工作流(Pipeline Pilot)技术;

所有模块必须能实现数据共享,同时能够在局域网上浮动运行,为保证全部软硬件系统的安全性、可维护性和保密性,所有模块在运行时只允许使用一个许可证加密文件;

软件为永久使用权,首次安装须一次性提供大于80年的许可加密文件(license file). *Discovery Studio Standalone: 可视化界面,Discovery Studio软件核心模块.支持服务器-客户端安装在同一台机器上的使用模式.与Pipeline Pilot结合在一起,提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图等功能.2个使用许可.? *DS CHARMm: 来自哈佛大学Prof. Martin Karplus的工业标准的分子力学及动力学商用程序,研究多种分子(从小分子配体到多组分的复合物)的热力学及动力学特性.能与其他模块配合,进行蛋白、配体、蛋白和配体复合物的计算及分析.包括柔性对接功能CDOCKER.2个使用许可. *DS Biopolymer: 蛋白质、肽类和核酸结构搭建、修改和分析的工具,包括著名的静电分布计算工具DelPhi以及基本的X-Ray工具.2个使用许可. *DS Protein Refine: 针对MODELER的模建结果,基于CHARMm进行蛋白质氨基酸侧链和loop区的优化,提高模建结果的合理性.2个使用许可. *DS Analysis: DS CHARMm的动力学计算结果图形分析工具.2个使用许可. *DS QUANTUMm: QM/MM计算工具,结合CHARMm和DMol3的功能完成受体-配体结合能计算.2个使用许可. *DS DMol3 Molecular: 密度泛函量子力学计算工具.2个使用许可. *DS MMFF: Merck力场.2个使用许可. *DS CFF: ClassII力场.1个使用许可. *DS De Novo Evolution: 基于Ludi产生全新的小分子或对已有母核进行侧基改造.1个使用许可. *DS Flexible Docking: 融合了蛋白侧链优化、Hotspot对接方法、配体多构象生成等多种方法,使用经典的CHARMm力场进行柔性对接的工具.1个使用许可. *DS LibDock: 快速的分子对接工具,适用于对大规模数据库进行快速精确的虚拟筛选.根据小分子构象与受体相互作用热区(Hotspot)匹配的原理将这些构象刚性对接到受体的结合口袋当中.1个使用许可. *DS LigandFit: 快速、灵活的分子对接程序,可以考虑配体结合取向、结合构象以及形状匹配等多种因素.1个使用许可. *DS LigandScore: 采用经过验证的打分函数以及特定的描述符,评价受体-配体间的相互作用.通过对DS LigandFit对接结果的分析,确定结合模式可能存在的问题、区分正确或错误的结合构象、把不同结合构象的配体依次排序以供筛选或合成使用.1个使用许可. *DS Ludi: 全新小分子设计工具.1个使用许可. *DS Catalyst功能,包括: DS Catalyst Conformation: 多样、完全且快速地生成构象模型,可选择采用Polling或CAESAR算法生成构象,生成的构象用于产生药效团模型或进行数据库搜索.2个使用许可. DS Catalyst Hypothesis: 对一组化合物进行基于特性结构的比对并自动生成药效团模型.特性结构包括亲疏水性基团、氢键给体/受体和正/负电荷基团等.产生药效团模型时如提供具体的活性数据,可以产生3D-QSAR药效团并用之来预测新化合物的活性,如在产生药效团的过程中考虑排除体积,从而引入受体占有空间位阻的信息,精修后得到的药效团模型可以提高预测能力;