PDF《同济大学生物信息学系》

? ? 同济大学生物信息学系 Tongji University Bioinformatics Department 海外团队 刘小乐 李程 李蔚 合作导师 张勇 徐函 ? ? 刘小乐 教授(Xiaole Shirley Liu) xsliu.

[email protected] 刘小乐(X. Shirley Liu)教授

1992 年考入北京大学生物系,1994 年转 学到美国史密斯女子学校双修生物化学和计算机科学,三年后以最高拉 丁荣誉毕业.2002 年于斯坦福大学取得生物医学信息学博士和计算机 科学辅修博士学位后,被直接聘为哈佛大学终身制助理教授.她目前担 任哈佛大学公共卫生学院和 Dana-Farber 肿瘤研究所生物统计与计算生 物学系的副教授,和同济大学生物信息海外团队教授. 刘小乐教授的工作侧重于基因调控机制的生物信息和计算生物学研究. 她的科研组通过整合全基因组 ChIP-chip/Seq、核小体定位、组蛋白修 饰、基因表达谱、基因组序列等数据,构建转录与表观遗传调控的计算 和统计模型.她开发了一些被广泛应用和引用的算法来寻找转录因子主 题基序,进行 ChIP-chip/Seq 数据分析,并在表观遗传学方面做出前沿 工作.通过广泛合作研究,她不仅研究发现模式生物的基因调控机制, 还发掘了诸如癌症、代谢和免疫疾病的致病分子机制.最近她的科研扩 展到对于胚胎干细胞、细胞分化和诱导多能干细胞的基因调控方面的计 算生物学研究.她发表了

87 篇文献,包括

32 篇作为(共同)第一或通 讯作者,24 篇在 Cell / Nature / Science 系列中.刘小乐教授不仅仅是 实验室成员科学研究方面的导师,还关注他们的职业发展前途.她课题 组里的博士毕业生和博士后现在大都在优秀高校终身制任教. 刘小乐教授现任三家杂志编委,并给

19 家杂志(包括 Nature)审稿. 她在

60 所国内外高校做过专题报告,并在

30 个国际会议上被邀请做过 报告.她2002 年成为 The Chronicle of Higher Education 的封面人 物,2005 年获得 Claudia Adams Barr 创新基础癌症研究奖,2006 年 获得国防部前列腺癌研究计划新人奖,

2008 年获得 Sloan 研究基金会 奖金.她目前担任两项美国卫生部(NIH)资金和一项国防部资金的 PI,以及五项 NIH 资金的骨干(Co-investigator). 在5年之内,用不到 $100 在一小时内测序一个人体基因组将会成为现 实.生物信息这个在生物、统计、计算机的交叉学科,可以结合科研与 技术和实际应用把数据转化成知识.刘小乐期待着与有志向、有天分、 勤奋努力的同学们一起探索生物医学的奥妙,提高人类健康. 刘小乐教授实验室主页:http://liulab.dfci.harvard.edu/ ? ? 李程 教授(Cheng Li) [email protected]? 李程(Cheng Li)教授

1995 年毕业于北京师范大学数学系,获计算机 专业学士学位.2001 年毕业于加州大学洛杉矶分校,获统计专业博士学 位.2002 年起在哈佛公共卫生学院及 Dana-Farber 癌症研究所的生物 统计与计算生物系任助理教授,2008 年任副教授.2009 年被同济大学 聘为生物信息系海外团队教授.李程教授研究组开发的 dChip、ComBat 软件和相关数据分析方法被广泛应用于基因表达和 SNP 生物芯片的数 据分析和展示,主要文章被引用

2000 次.研究组的工作目前由多项美 国国家卫生院研究基金资助,在Nature、Nature Genetics、Blood、 PNAS、BMC Bioinformatics 等刊物发表论文

77 篇. 李程教授组研究兴趣为基因组是如何变化而导致癌症和神经退化性疾病 的发生和发展.我们开发高通量生物芯片和测序技术的数据分析算法和 软件,并且把它们应用于研究疾病细胞里基因组、表达谱和调控网路的 变化,以及这些变化与疾病症状和治疗结果的关系.通过与生物医学研 究者的紧密合作,我们使用计算生物方法为发现新的致病基因和机理作 出贡献.我们欢迎对数学统计建模、计算机并行快速算法研究感兴趣的 同学加入团队,一起对海量基因组数据的分析方法、软件开发进行研 究,从而帮助开启个性化医疗的新时代. 李程教授实验室主页:http://www.biostat.harvard.edu/~cli/ ? ? 李蔚 教授(Wei Li) [email protected] 李蔚(Wei Li)教授 高中时代曾获全国中学物理竞赛一等奖并因此保送 南京大学物理系生物物理专业.1998 年考入中国科学院生物物理所师从 我国生物信息奠基人之一陈润生院士,并于