DOC《序列比对》

序列比对 姓名_编号_邮箱_日期_ 基本概念 举例说明序列相似性和同源性之间的差别和联系.

举例说明全局比对和局部比对的适用范围. 举例说明BLOSUM计分矩阵和PAM计分矩阵的构建方法和特点. 举例说明空位罚分的意义和用法. 了解动态规划双序列全局比对和局部比对算法的基本思路. 序列比对点阵图(Dot Plot)方法应用实例 以人癌胚抗原CEAM5_HUMAN为例,分别用DotMatcher和在线分析平台Dotlet进行点阵图分析,说明如何利用点阵图方法在寻找序列内部相似性区域. 结合点阵图在线分析平台Dotlet中实例,说明点阵图方法的用途. 血红蛋白序列比对实例 阅读分子月报、蛋白质精选以及维基百科等网站中有关血红蛋白的介绍,了解血红蛋白的生理功能、空间结构、亚基组成等基本知识. 查阅ENSEMBL基因组数据库中已经或正在进行基因组测序的物种树,了解人、小鼠、大鼠三个物种之间演化关系;

检索物种分歧时间数据库TimeTree,了解人和小鼠、小鼠和大鼠之间的分歧时间. 从UniProt数据库中提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha亚基蛋白质序列,进行双序列全局比对.分析比对结果,说明所得结果和预期不符的原因和进一步分析思路. 提取RefSeq数据库中人HBA

1、小鼠Hba1-a

1、大鼠Hba1编码区序列进行序列比对,注意选择恰当的计分矩阵和空位罚分,分析不同空位罚分值时的比对结果. 分析上述结果,阅读血红蛋白基因家族演化论文(Hardison R, 2012;

Burmester, 2002),说明人、小鼠和大鼠alpha血红蛋白基因家族基因结构和演化. 课题相关蛋白质和编码基因 简述所在实验室或导师研究方向. 简述本人从事或计划进行的研究课题的意义和背景. 从UniProt数据库中提取课题相关或你感兴趣的蛋白质及相近物种的同源蛋白,进行序列比对,分析比对结果. 从RefSeq或GenBank数据库中提取上述蛋白质的编码区核苷酸序列,进行序列比对,分析比对结果. 简述序列比结果对你课题研究能够提供哪些参考. 参考文献: Hardison RC. (2012) Evolution of hemoglobin and its genes. Cold Spring Harb Perspect Med. 2:a011627. Burmester T, et al. (2002) Cytoglobin: A Novel Globin Type Ubiquitously Expressed in Vertebrate Tissues. Mol. Biol. Evol. 19:416-421.