PDF《生工生物》

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DOC_TYPE=Download, 版本 2.28. Trinity:http://trinityrnaseq.github.io/,版本 r20140717. bowtie2:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/,版本 2.2.3. samtools:http://samtools.sourceforge.net/,版本 0.1.18. bwa:http://bio-bwa.sourceforge.net/,版本 0.7.5a. jellyfish:http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/,版本 2.0. MISA:http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/,版本 1.0. primer3:http://primer3.sourceforge.net/,版本 2.3.6. Tophat:(http://ccb.jhu.edu/software/tophat/),版本 2.0.11. KAAS:http://www.genome.jp/tools/kaas/,版本 1.0. OrrPredictor:http://www.proteomics.ysu.edu/tools/OrfPredictor.html/,版本 1.0. RSeQC:(http://rseqc.sourceforge.net/),版本 2.6.1. R:https://www.r-project.org 版本 3.1.2. RSEM:http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/,版本 1.0. cufflinks:http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/,版本 2.2.1. MATS:http://rnaseq-mats.sourceforge.net/ 版本 1.0 Bioconductor:http://www.bioconductor.org/. R 包:qvalue,pheatmap,scatterplot3d,gplots,topGO,RColorBrewer,VennDiagram,DESeq, edgeR,Rgraphviz ,Statistics.R perl,pathview,WGCNA. Cytoscape:http://www.cytoscape.org/ 版本 3.3.0 2.2 数据库 NR:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nr.*tar.gz,NR(NCBI non-redundant protein sequences) 是NCBI 官方的蛋白序列数据库 NT:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.*tar.gz,NT(NCBI nucleotide sequences) 是NCBI 官方的核 酸序列数据库 KOG/COG: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG/ COG 是Clusters of Orthologous Groups of proteins 的 简称,KOG 为euKaryotic Ortholog Groups.这两个注释系统都是 NCBI 的基于基因直系同源关系,其中COG 针对原核生物,KOG 针对真核生物. Swiss-Prot: http://www.uniprot.org/downloads (A manually annotated and reviewed protein sequence database)搜集了经过有经验的生物学家整理及研究的蛋白序列. TrEMBL: http://www.uniprot.org/downloads Uniprtot 中的另外一个蛋白数据库, 该数据库收集了大量的 蛋白序列. CDD、Pfam 数据库:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/mmdb/cdd/cdd.tar.gz. KEGG:http://www.kegg.jp/ KEGG 是Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 的简称,是系统分 析基因产物和化合物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物的功能的数据库. Ensembl:欧洲基因组数据库,与NCBI,UCSC 并为三大基因组数据库,其中可下载大部分物种的基 因组序列及相关注释文件;

动物基因组:http://asia.ensembl.org/inde........