PDF《捕获外显子的最佳方法》

捕获外显子的最佳方法 生物通报道 外显子组测序(exome-seq)是对定向富集的基因组 DNA 进行高通量测序,它能够以 相对低的费用对人类外显子组进行拷问.

2009 年,外显子组捕获工具的出现,让外显子组测序这种技 术迅速红起来.到目前为止,已有超过

1 万个外显子组被测序.这一技术能协助确定单基因疾病以及一 些遗传异质性疾病的分子缺陷, 鉴定各种癌症中反复突变的基因, 并为人类进化和群体遗传学提出新见 解. 如今有多家公司推出了外显子组捕获试剂, 包 括罗氏 NimbleGen、安捷伦、Illumina,还有最近 的华大基因.这些方法究竟孰优孰劣,斯坦福大学 医学院遗传学系的研究人员对市场上三个主流的 外显子组测序平台进行了比较. 该研究结果发表在 《Nature Biotechnology》上. 研究人员利用安捷伦、 Illumina 和NimbleGen 的外显子组测序平台对同一个人类血液样品进行 分析.他们的结果表明,NimbleGen 平台作为唯 一一个使用高密度重叠探针的平台, 尽管覆盖了较 少的基因组区域, 但在灵敏检测小的变异时所需的 测序量也最少.在同样获得 80M 测序数据的情况 下,NimbleGen 有97%的目标序列达到 10x 以上 的测序深度,而其他产品只有 90%.而安捷伦和 Illumina 的探针能够在低密度下捕获更多数量的变 异.此外,Illumina 还捕获了未翻译的区域,这是 NimbleGen 和安捷伦平台无法靶定的. 研究人员还比较了同一样品的外显子组测序 和全基因组测序(WGS),显示外显子组测序能 够检测到 WGS 错过的小变异. 除了文中提到了三个主流平台, 外显子组捕获 方面的新产品也在不断推出, 研究人员的选择也将 更广泛.罗氏 NimbleGen 即将推出新一代的外显 子液相捕获产品.这一新产品将可捕获 64M 的基 因组序列,包括所有外显子以及 miRNA,它含与 其他 NimbleGen 液相捕获产品相同的 2.1M 高密 度探针,以确保高效、均

一、特异、全面的定向捕 获,将成为市场覆盖面最广的序列捕获产品之一. 最近,华大基因(BGI)也宣布推出其最新研 究的 All-in-One 序列捕获技术. 相比于流行的外显 子组捕获测序, 该技术创新性地把人类群体特异性 的SNP 和MHC 全部区域与外显子序列整合在一 起, 集成了传统基因分型芯片和外显子捕获的两种 技术优势.据介绍,该技术在成本和技术都优于外 显子测序.(生物通 余亮) 原文检索 Performance comparison of exome DNA sequencing technologies Nature Biotechnology 29, 908C914 (2011) doi:10.1038/nbt.1975