PDF《蜂鸟-Xfinity 计算平台上》

蜂鸟-Xfinity 计算平台上 工程与工业计算用户 上机手册 上海超级计算中心 上海海计信息技术有限公司

2015 年4月目录I目录1.

蜂鸟 集群简介.1 2. Xfinity计算平台

1 2.1 Xfinity概述

1 2.2 Xfinity使用终端环境.2 2.3 Xfinity通用操作

2 2.3.1 作业的提交.2 2.3.2 作业的管理.5 2.3.3 作业的运行状态

6 2.3.4 作业监控

7 2.3.5 作业信息

7 2.3.6 文件管理

8 2.4 文件上传下载.9 2.5 其他说明.9 2.6 进入命令行方式.9 3. Abaqus

10 3.1 软件概况.10 3.2 提交作业.10 3.3 作业监控.11 3.4 命令行方式脚本编写.12 4. ANSYS

12 4.1 软件概况.12 4.2 提交作业.12 4.3 作业的监控

14 4.4 命令行方式脚本编写.15 5. LS-DYNA

15 5.1 软件概况.15 5.2 提交作业.16 5.3 作业的重启动.18 5.4 作业的监控

19 5.5 作业的运行控制.19 5.6 命令行方式编写脚本.19 6. MSC.Nastran.20 6.1 工程概况.20 6.2 提交作业.20 6.3 作业监控.20 目录II 6.4 命令行方式编写脚本.20 6.5 nastran参数说明.21 7. Hyperworks.22 7.1 软件概况.22 7.2 提交作业.22 7.3 作业监控.24 7.4 命令行方式编写脚本.24 8. Fluent

25 8.1 软件概况.25 8.2 提交作业.25 8.3 作业监控.26 8.4 命令行方式编写脚本.27 9. CFX作业

28 9.1 软件概况.28 9.2 提交作业.28 9.3 作业监控.30 9.4 命令行方式编写脚本.30 10. Starcd

31 10.1 软件概况.31 10.2 提交作业.31 10.3 作业监控.32 10.4 命令行方式编写脚本.33 11. Starccm+33 11.1 软件概况.33 11.2 提交作业.33 11.3 作业监控.35 11.4 命令行方式编写脚本.35 附录 1: 命令行常用命令说明.37 工程与工业计算用户-上机手册

1 1. 蜂鸟 集群简介 为了增强向工程企业提供 CAE/CFD 仿真计算服务的能力,上海超算中心于

2012 年6月部署了一台运算速度为

21 万亿次每秒的 IBM 集群计算机,名为 蜂鸟 .该集群包括

65 台HS23 刀片计算节点,并分别配置了

6 台与

4 台x3650M3 机架服务器作为管理节点和存 储节点,同时配置了

2 台dx360M3 作为图形服务器,所有节点通过 Infiniband 网络高速互 连.硬件环境的升级将有助于提高并行计算处理能力,蜂鸟集群计算节点的性能见表 1. 表1 蜂鸟 集群计算节点的软硬件环境 硬件环境 CPU CPU Intel Xeon E5-2670 核数 8core/CPU,2CPU/Node 主频 2.6GHz L3 20MB 内存 8x8GB 本地硬盘 300GB 6Gbps SAS 网络 infiniBand QDR 40Gb+千兆网+百兆网 软件环境 操作系统 版本 Red Hat Enterprise Linux Server release 6.2 内核 2.6.32-220.el6x86_x64 SMP 作业调度 LSF 7.0 系统平台 Xfinity 2.7(最新版本) 2. Xfinity计算平台 2.1 Xfinity概述 Xfinity是上海超算中心开发的新型计算服务平台,旨在通过windows操作界面的风格来 代替传统的linux,沿用用户的使用习惯.使用资源及管理功能统一入口.采用B/S结构进行 开发设计,用户使用时无需学习新的操作技巧. Xfinity平台具有一定的管理功能,通过对用户授予不同的角色,可以实现用户权限的自 动控制,如工程师只能使用管理员所分配的应用软件. 关于Xfinity平台的详细使用方法,请在登录平台后点击桌面 帮助 图标,内有最新2.7 版本的详细使用说明.在本上机手册中对此只作最基本的操作介绍. Xfinity功能主要如下: 作业管理 提交作业 选择应用软件,输入作业参数;

创建应用快捷方式 作业查看 查看作业状态、输出、时间、相关文件等详细信息,作 业的隐藏和显示 作业控制 结束、中断 文件管理 文件传输 上传/下载 文件编辑 打开文件/目录 工程与工业计算用户-上机手册

2 创建新文件/目录 编辑文件或文件属性、重命名、tail文件 拷贝、粘贴、删除文件/目录 压缩、解压缩文件 文件路径控制 向上、向后、向前、返回默认目录和刷新路径. 资源监控 实时信息查看 查看集群、磁盘空间、队列等的实时信息 管理功能 项目管理 创建、修改、注销项目、修改每个项目内的成员以及 对每个项目应用权限的分配 统计信息 根据部门、项目、应用和时间查看作业统计信息,支持 统计信息导出 2.2 Xfinity使用终端环境 操作系统:支持Windows、Linux等不同版本操作系统. 浏览器:推荐用户使用IE(8~11版本)和Firefox ,在首次使用时请根据平台提示安装 相关插件,并重启浏览器登录平台. 2.3 Xfinity通用操作 Xfinity 的登录 用户登录http://xfinity.net.cn,出现登录界面如下图所示. 图1登录窗口 在图1中输入用户名、密码和验证码,点 登录 就进入xfinity了.如果需要保存密码 可以勾选 记住密码 .下次输入用户名后会自动弹出密码. 2.3.1 作业的提交 用户在登录xfinity平台后,会弹出xfinity平台的主界面.如图2所示.用户提交作业通过 点击作面上的图标 提交作业 ,也可以通过 开始 选取 命令行窗口 通过命令行方式 提交作业.下面通过实例讲解一下常用窗口化的流程,此例同样适用于其它软件.如需使用 命令行方式提交作业可参考后续章节中各软件的命令行提交作业操作. 工程与工业计算用户-上机手册

3 图2xfinity 桌面 单击 提交作业 图标,弹出 提交作业 窗口,如图3所示.单击或双击左侧可用软 件列表中的对应软件以打开作业提交界面,以MSC.Nastran软件使用为例,单击该图标按钮 即可进入 Nastran应用-提交作业 窗口. 用户在作业计算设置完成后,为提高作业模板和特定参数的便捷复用,可点击下方 + 保存为常用 按钮,将其保留至左侧作业提交 常用 区域甚至创建桌面快捷方式.下次提 交作业时可利用快捷方式迅速进入软件的提交界面, 此时各参数设置文本框中将自动加载历 史数据,建议经常使用某固定软件的用户使用此功能. 图3 提交作业 选取软件窗口 工程与工业计算用户-上机手册

4 图4 Nastran 应用-提交作业 窗口 图4显示了 nastran应用-提交作业 窗口,在这个窗口下,用户可以完成本次计算所需 的基本控制选项和计算参数的设置,包括使用核数,工作目录的设置,计算文件的上传,软 件版本的选择等, 另外用户可以通过 高级选项 更详细地定制本次任务. 默认条件下, 高 级选项 是隐藏的,对于大多数任务而言,用户不需要对 高级选项 进行设置. 下面分别对本窗口的选项做简要说明. 作业名: 用户可以给本次计算任务取名. 默认下系统根据用户名, 应用名称, 提交作业日期, 提交次数,自动命名. 作业描述:为了便于日后查找计算任务,建议用户对本次作业做简要描述. 集群:可选择蜂鸟集群. 队列:默认计算队列,本例为默认的nastran. 队列动态信息:动态提供当前队列的信息和个人可用资源信息. 核数:用户根据作业的性质对软件队列所用核数进行适当选择.对于多核计算,建议填入数 为偶数. 工作目录:设置工作目录,默认情况下,在用户自用目录下根据作业名自动生成工作目录, 支持用户自定义工作目录,点击 选择 按钮,在弹出的对话框中,用户需要返回到上级目 录,用户可以在此窗口中自行创建文件夹,选择文件夹名称,并点击 设为工作目录 按钮 即可. 输入文件: 用户可用从本地或主机找到需要计算的文件. (如nastran头文件为.bdf/.dat, include 文件等)的位置,Xfinity支持把文件转移到指定的工作目录. 其他输入文件:用户可输入其它计算需要的文件. nastran版本:2008r1,对于其他软件,点击向下箭头,可以看到现有上海超算中心所拥有的 软件版本,选取合适的版本进行计算. 工程与工业计算用户-上机手册

5 高级选项 单节点核数:默认等于参与计算核数,单节点核数蜂鸟不能超过16. 输入文件压缩包:支持用户上传.zip/.rar/.tar/.tgz文件压缩包,Xfinity支持把这类压缩文件解 压到工作目录.用户可以把计算所需的include文件打包上传. sdirectory: 设置Scratch Directory的........