PDF《C12Q 1/68》

[19]中华人民共和国国家知识产权局 [12]发明专利申请公开说明书 [11]公开号 CN 1659287A [43]公开日 2005年8月24日[21]申请号 03812982.

5 [22]申请日 2003.04.04 [21]申请号 03812982.5 [30]优先权 [32]2002.04.05 [33]US [31]60/370,895 [86]国际申请 PCT/US2003/010783 2003.04.04 [87]国际公布 WO2003/087766 EN 2003.10.23 [85]进入国家阶段日期 2004.12.06 [71]申请人 美国政府健康及人类服务部 地址 美国马里兰州 [72]发明人 王心伟 叶青海 J・W・金[74]专利代理机构 上海专利商标事务所有限公司 代理人 徐迅 [51]Int.CI7 C12Q 1/68 C12P 21/06 权利要求书

5 页 说明书

81 页 附图

8 页[54]发明名称 诊断肝癌转移或发病可能性及鉴定治疗靶点的方 法[57]摘要 本发明涉及诊断HCC患者的肝细胞癌(HCC)转移 可能性和慢性肝病患者发展为HCC可能性的方法. 还提供了用于上述分析的计算机可读介质、数字式 计算机和系统.还公开了确定治疗HCC患者转移的 潜在治疗靶点的方法和防止慢性肝病患者发展为HC C的方法.此外,本发明提供了通过抑制HCC患者的 一个治疗靶点(骨桥蛋白)的功能而抑制HCC转移的 方法,以及通过抑制慢性肝病患者的一个治疗靶点 (EpCAM)的功能而防止其发展为HCC的方法.还公开 了包含能抑制OPN或EpCAM功能的药物组合物. 03812982.5 权利要求书第1/5页21.一种鉴别抑制肝细胞癌HCC患者中癌细胞转移的潜在治疗靶点的方法,其 特征在于,包括以下步骤: a) 将来自转移性HCC 患者的样品与包含针对一组细胞标志物的捕获试剂的 芯片接触;

b)从样品中捕获标志物并产生第一个信号;

c) 用非转移的HCC 患者的样品重复步骤a) 和步骤b) 从而产生第二信号;

d)比较第一和第二信号,从而鉴定出第一信号和第二信号的水平不同的细 胞标志物亚组,此亚组细胞标记物就是治疗HCC病人HCC转移的潜在治疗靶点. 2.如权利要求1所述的方法,其特征在于, 在步骤b)和步骤c)中扣除正常非癌组织样品在与步骤a)的芯片相同的芯片 上所产生的信号,从而产生第一和第二信号. 3. 一种预测肝细胞癌HCC 患者癌细胞转移的方法,其特征在于,包括下述 步骤: a) 将来自转移性HCC 患者的样品与包含针对一组细胞标志物的捕获试剂的 芯片接触,这组细胞标志物包括从表2基因中独立选出的至少10个基因或基因所 编码的蛋白;

b)从样品中捕获标志物;

c)从步骤b)的被捕获标志物中产生第一信号;

d) 用非转移的HCC 患者的样品重复步骤a) 至步骤c) 从而产生第二信号;

e)用不明确有无转移可能的HCC患者样品重复步骤a)至步骤c)从而产生第 三信号;

f)将第三信号与第一和第二信号进行比较,从而确定步骤e)的HCC患者的 转移可能性. 4.如权利要求3所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括从表2基因 中独立选出的至少20个基因或基因所编码的蛋白. 5.如权利要求4所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括从表2基因 中独立选出的至少50个基因或基因所编码的蛋白. 6.如权利要求5所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括从表2基因 03812982.5 权利要求书第2/5页3中独立选出的至少100个基因或基因所编码的蛋白. 7.如权利要求6所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括表2的基因 或基因所编码的蛋白. 8.如权利要求3所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括表4的基因 或基因所编码的蛋白. 9.如权利要求3所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括单基因编号 为Hs.

313、Hs.

69707、Hs.

222、Hs.

63984、Hs.

75573、Hs.

177687、Hs.

69707、 H s .

2 2

2 、 H s .

3 2

3 7

1 2 、 和Hs.63984的基因或基因所编码的蛋白.10.如权利要求3所述的方法,其特征在于,步骤a)和b)的样品、步骤d)的样 品和步骤e)的样品是肝组织提取物. 11.如权利要求3所述的方法,其特征在于,步骤a)中的芯片是基因组芯片. 12.如权利要求3所述的方法,其特征在于,步骤a)中的芯片是蛋白质组芯 片. 13. 一种鉴别用于防止慢性肝病患者发展为肝细胞癌HCC 的潜在治疗靶点 的方法,其特征在于,包括以下步骤: a) 将来自HCC 高危的慢性肝病患者的样品与包含针对一组细胞标志物的捕 获试剂的芯片接触;

b)从样品中捕获标志物并产生第一个信号;

c)用HCC低危的慢性肝病患者样品重复步骤a)和步骤b),从而产生第二信 号;

d)比较第一和第二信号,从而鉴定出第一信号和第二信号的水平不同的细 胞标志物亚组,此亚组的细胞标记物就是防止慢性肝病患者发展为HCC 的潜在 治疗靶点. 14.如权利要求13所述方法,其特征在于,在步骤b)和步骤c)中扣除正常非 癌组织样本在与步骤a)的芯片相同的芯片上所产生的信号,从而产生第一和第二 信号. 15.一种预测慢性肝病患者发展为肝细胞癌HCC的危险性的方法,其特征在 于,包括以下步骤: a) 将来自HCC 高危的慢性肝病患者的样品与包含针对一组细胞标志物的捕 获试剂的芯片接触,这组细胞标志物包括由表5基因中独立选出的至少10个基因 或基因所编码的蛋白;

03812982.5 权利要求书第3/5页4b)从样品中捕获标志物;

c)从步骤b)被捕获的标志物中产生第一信号;

d)用HCC低危的慢性肝病患者样品重复步骤a)至步骤c)从而产生第二信号;

e)用不明确有无HCC危险的慢性肝病患者样品重复步骤a)至步骤c)从而产 生第三信号;

f)将第三信号和第

一、第二信号进行比较,从而确定步骤e)的患者发展为 HCC的危险性. 16.如权利要求15所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括从表5基 因中独立选出的至少20个基因或基因所编码的蛋白. 17.如权利要求16所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括从表5基 因中独立选出的至少50个基因或基因所编码的蛋白. 18.如权利要求17所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括从表5基 因中独立选出的至少100个基因或基因所编码的蛋白. 19.如权利要求18所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括表5的基 因或基因所编码的蛋白. 20.如权利要求15所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括表6的基 因或基因所编码的蛋白. 21.如权利要求15所述的方法,其特征在于,这组细胞标志物包括表7的基 因或基因所编码的蛋白. 22.如权利要求15所述的方法,其特征在于,步骤a)和b)的样品、步骤d)的 样品和步骤e)的样品是肝组织提取物. 23.如权利要求15所述的方法,其特征在于,步骤a)中的芯片是基因组芯片. 24.如权利要求15所述的方法,其特征在于,步骤a)中的芯片是蛋白质组芯 片. 25.如权利要求15所述的方法,其特征在于,步骤a)中的患者所患的疾病选 自下组:乙肝、丙肝、血色病和Wilson氏病. 26.如权利要求15所述的方法,其特征在于,步骤d)中的患者所患的疾病选 自下组:酒精性肝病、自身免疫性肝炎和原发性胆汁性肝硬化.27.如权利要求15所述的方法,其特征在于,步骤e)中的病人所患的疾病选 自下组:乙肝、丙肝、血色病、Wilson氏病、酒精性肝病、自身免疫性肝炎和原 发性胆汁性肝硬化. 03812982.5 权利要求书第4/5页528.一种计算机可读介质,其特征在于,包括: a)第一数据集的代码,该数据集来源于第一信号,该信号来自与转移性HCC 患者的样品接触的芯片,所述芯片包含针对一组细胞标志物的捕获试剂,这组 细胞标志物包括由表2 基因中独立选出的至少10 个基因或基因所编码的蛋白;

b)第二数据集的代码,该数据集来源于第二信号,该信号来自与非转移性 HCC患者的样品接触的芯片,所述芯片与a)的芯片相同;

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