PDF《吉林大学高性能计算中心》

三、 应用软件信息 1. 作业脚本模板 使用 gromacs 的脚本无需用户另行设置环境变量, 脚本内直接包 含,避免同时使用多个版本的时候会出现冲突. 当多个人共用一个用户帐号的时候, 推荐大家把必要的环境变量 设置写到作业提交脚本里面去, 避免同时部署多个版本的软件导致冲 突. /data1/scripts 下的文件列表 文件名 用途 abaqus.lsf ABAQUS 作业提交脚本模板 dftb.lsf DFTB+作业提交脚本模板 gaussian.lsf Gaussian 作业提交脚本模板 gromacs454float.lsf GROMACS4.5.4 单精度作业提交脚本模板 gromacs465double.lsf GROMACS4.6.5 双精度作业提交脚本模板 gromacs465float.lsf GROMACS4.6.5 单精度作业提交脚本模板 molpro.lsf MOLPRO 作业提交脚本模板 ms6.lsf MS6.0 castep 作业提交脚本模板 ms.lsf MS4.4 5.0 5.5 castep dmol3 discover 作业提交脚本模板 namd.lsf NAMD 作业提交脚本模板 pwscf.lsf PWSCF 作业提交脚本模板 siesta.lsf SIESTA 作业提交脚本模板 vasp.lsf VASP 作业提交脚本模板 normal-parallel.lsf 常规并行作业提交脚本模板 IntelMPI intelmpi.lsf IntelMPI 作业提交脚本模板 openmpi.lsf OpenMPI 作业提交脚本模板 openmp.lsf Openmp 并行模式作业提交脚本模板 2. 应用软件部署 开源软件统一部署,如果需要特别编译参数请事先沟通,可以为 特殊需求用户单独生成可执行文件. 商业软件可以选择统一部署和自 行部署.如需要统一部署商业软件,请上传安装包、安装文档和 licenses 文件,并提供销售商服务电话. 商业软件请务必确保自己拥有合法授权, 否则发表论文的时候会 遇到版权问题. 如有疑问请详询系统管理员. JLUHPCC 机群用户手册 v2015 -5- Build by Hmyu

四、 LSF 常用命令 #BSUB 脚本常用参数: bsub <

脚本文件名 提交作业 bjobs 查看自己的所有运行任务情况;

说明:输入 bjobs 后,会列出 当前用户正在运行的所有作业, 最左边一列数字是每个作业的 JOBID, 一些其他命令使用的时候需要调用这个 JOBID. bjobs -l 查看所有运行任务的详细情况 bjobs -l JOBID 查看 JOBID 这个任务的详细情况 bpeek JOBID 查看某任务屏幕输出 bkill JOBID 终止某任务运行 bkill JOBID1 JOBID2 JOBID3 终止多个任务运行 bstop JOBID 临时挂起某个作业,为其它作业腾出计算资源 bresume JOBID 恢复由 bstop 挂起的作业 btop JOBID 把指定作业放到队列的最前面 bbot JOBID 把指定作业放到队列的最后面 #BSUB -q normal 作业使用的队列 queue #BSUB -app normal 作业属于哪种应用程序 #BSUB -a intelmpi 作业使用的 MPI #BSUB -J MYJOBNAME 作业名 #BSUB -n

12 作业使用的 cpu 核数 cores #BSUB -R span[ptile=12] 当需要跨节点计算的时候, 指定每个节点使用的 核数 #BSUB -R cu[usablecuslots=12] 每12 核当作一个计算单元,以12 核为单位 行资源预留 #BSUB -R [hosts=1] 确保作业丌跨节点计算,只使用一个 host 里面 的cpu 核#BSUB -o %J.vasp-output.jlu-hpcc 作业输出文件,一般用于排错 #BSUB -x 独占作业节点, 即使上面还有空核也丌允许其他 作业使用 #BSUB Cm c1b2 c1b3 c1b4 在指定节点内选择机器运行作业 mpirun.lsf path/vasp.5.2 MPI 并行应用程序调用诧句 export OMP_NUM_THREADS=8 openmp 并行设置并行线程数 dos2unix * 把当前目录下所有文本文件的格式从 dos 格式 转换为 unix 格式 JLUHPCC 机群用户手册 v2015 -6- Build by Hmyu

五、 常用 linux 命令 &

后台执行作业标示符 nohup 如果你正在运行一个程, 而且你觉得在退出 terminal 窗口时该程还 丌会结束, 那么可以使用 nohup 命令. 该命令可以在你退出帐户/关闭终端Y后 继续运行相应的程.nohup 就是丌挂断的意思( no hang up). nohup command &