PDF《吉林大学高性能计算中心》

在后台运行一个丌挂断的作业 ls 列出当前目录下的所有内容 ll 同ls Cl 每行列一个文件或目录,显示更详细的信息 cd 目录名 入指定的目录名 cd 入自己的 home 目录 mkdir 目录名 在当前目录下创建一个目录 rmdir 目录名 删除当前目录下的一个空目录 rm 文件名 删除一个文件 rm CRf 目录名 强制删除一个目录,包括目录下的文件和子目录 mv src dest 把src 下的内容移动到 dest cp src dest 把src 复制到 dest cp /data1/scripts/vasp.lsf . 把/data1/scripts 下的 vasp.lsf 复制到当前目录下 export A=123 给变量 A 赋值

123 echo $A 显示变量 A 的值 man ls 显示命令 ls 的帮助,更简单的办法是用 ls C-help source 文件名 把一个文件的内容当成是 shell 来执行. . 作为目录的时候表示当前目录,作为操作符在 bash 里面等同于 source JLUHPCC 机群用户手册 v2015 -7- Build by Hmyu .. 作为目录的一部分,代表当前目录的父目录. vi 文本文件名 linux 下的文本编辑器,很强大.vim 比vi 更强大. dos2unix 转换 dos/win 平台下的文本文件到 unix 格式 ccmake 编译源码前的配置工具 configure 编译源码前的配置工具 make 编译源码 make install 安装源码 chmod u+x 文件名 赋予文件可执行权限 chmod CR

755 目录名 共享目录或文件,其他人可以查看和执行 chmod CR

700 目录名 防止别人看你的数据和应用程序 pwd 显示当前目录的全路径 which 文件名 查找一个可执行文件是否在搜索路径里面, 前提是你有执行这个 文件的权限. cat 文本文件名 查看文本文件内容 more 文本文件名 查看文本文件,每屏暂停一下,等同于 cat 文本文件名 | more tail 文本文件名 查看文件的末尾

10 行tail 文本文件名 Cn

20 查看文件的末尾

20 行|管道操作符,把前面命令的输出当作后面命令的输入 <

>

都是重定向操作符,分别用于重定向标准输入和标准输出. linux 下是大小写敏感的,请特别注意! ! ! JLUHPCC 机群用户手册 v2015 -8- Build by Hmyu

六、 如何编译软件 1. 选定编译软件,设置对应的环境变量 a) GNU 编译环境 系统里面已经部署,使用 GNU 编译环境,免费软件. source /data1/env/gnu4.8 b) Intel 编译环境 系统里面已经部署,使用 Intel 编译器,收费软件. source /data1/env/icompiler13 c) PGI 编译环境 需要自行部署,使用 PGI 编译器,收费软件. d) OpenMPI 编译环境 OpenMPI 自身没有编译器,源码安装 OpenMPI 的时候使用那个编 译器来编译安装的,就调用那个编译器.系统部署有对应 Intel Compiler 和GNU Compiler 两种 source /data1/env/openmpi1.6_intel source /data1/env/openmpi1.6_gnu 执行以上某个环境变量后可以通过 ompi_info | more 查看 OpenMPI 的相关信息,包括编译器信息 一般来说在 x86_64cpu 的平台上, IntelMPI 编译器编译速度最 慢,但是编译生成的代码执行效率最高,特别是数值运算.目前中心 的硬件环境只支持运行在 CPU 上的并行,不支持 GPU 和MIC. 2. 编译软件 a) 自动配置软件 configure 或cmake ,这两个命令后面会跟随大量的参数. make make install b) 手动修改配置文件,vasp vi makefile vi makefile.inc make make install c) 手动编译 icc -o hello.o hello.c icpc -o test1.o test1.cxx ifort -o test2.o test2.f77 ifort -o test3.o test3.f JLUHPCC 机群用户手册 v2015 -9- Build by Hmyu

七、 如何开始计算 1. 选定要使用的应用软件 系统中已经部署的开源软件可以直接使用, 没有部署的软件请自 行部署或联系系统管理员协助部署. 商业软件请务必确保自己具有合 法授权才能使用. 部署商业软件请务必确认是适合 linux 和x86_64 平台的版本, 其他平台的软件版本无法部署在我们的计算平台. 2. 编制作业脚本 使用 ssh 客户端软件如 putty 等登录到 login4 或login5 节点, 在HOME 目录下的 workplace 子目录里面合适的位置建立作业子目录, 进入此作业目录,使用 vi 或vim 软件编写作业脚本. 可以从/data1/scripts 里面寻找合适的脚本模板,或者请系统 管理员帮助,或者自己编制作业脚本.建议命名作业脚本文件的时候 使用.lsf 扩展名. 作业脚本里面一般有三类格式: 脚本首行的#!/bin/sh 别动,这是告诉操作系统脚本使用的 shell 的. a) 作业调度命令: 以# BSUB 开头的行, 是lsf 作业调度软件的指令, 用于告诉作业调度系统你需要的资源和作业的属性. #BSUB -q normal #使用 normal 队列(queue) #BSUB -app normal #应用程序是 normal 类型 #BSUB -a intelmpi #使用 IntelMPI #BSUB -a openmpi #使用 OpenMPI #BSUB -n