PDF《Reaxys使用》

22 不定位取代键的使用

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2 绘制要求: 希望1,2,3C上存在 一个NH2 绘制步骤: 1. 用选择工具选择1,2,3号C原子, 2. 添加不定位取代,系统默认添加CH3 3. 将CH3换成NH2 ? 案例: ? 定义某位点上不能发生F, Cl, Br, I取代

23 Not List的应用 ? 案例 ? 定义一个结构A ? R1分别是下面的这些结构,结构中绿色原子与A结构相连接

24 自定义R基团 A ? 定义步骤: ? 使用R基团末端定义工具定义绿色原子 ? 使用R基团定义工具,选择全部片段,即可完成R1的定义

25 绘制方法

26 反应原子标记工具 Tips: 1. 定义反应前后必须匹配的原子 2. 建议将官能团展开后进行匹配 3. 在定义原子匹配时,两工具等效.

27 缩写官能团,Reaxys的Generic Group定义 Tips: 1. Abbreviated Group:提供一些 缩写的基团,直接键盘输入即 可2. Reaxys Generic Group:提供 一些通用官能团

28 Generic Group定义―链的定义 Tips: ACY: 任意的链 ABC: 任意C链(只含C原子) AYL: 含有炔基取代的链 ALK: 含有烷基取代的链(饱和链) AEL: 含有烯基取代的链 AHC: 含有杂原子的链 AOX: 烷氧基 其他带H的分别是,前面对应基团或H

29 Generic Group定义―环的定义 Tips: CYC: 任意的环 CBC: 任意C环(只含C原子) ARY: 芳香基(只含C原子) CAL: 环烷基(饱和C环) CEL: 环烯基(不饱和C环) CHC: 任意杂环 HAR: 含杂原子的芳香环 CXX: 不含C原子的环 其他带H的分别是,前面对应基团或H |

30 Generic Group定义―G Group定义 Tips: 1. G代表的是任意基团,GH表示的是任意基团或H 2. G*和G的区别是,G*所连接的基团允许和母体成环,G不允许成环

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2 4 思考: As Substructure检索这个结构,哪些 结构可以被检索出来,如果不是G*, 而是G呢? |

31 ? S Max: As Draw检索时有效 ? As Draw时,所有的原子不允许有取代 ? 标记上,S Max,等同于在As Draw时将这个位点全部开放 ? S Lock: As Substructure检索时有效 ? As Substructure时,所有没有画出来的H,以及没有延展出来的H都可以 随意取代 ? 标记上,S Lock, 等同于该位点上只能是H,起到锁定作用 S Max和S Lock As Draw As Substructure |

32 原子属性列表 Tips: A: 任意非H原子 Q: 任意非C,H原子 M: 任意金属 X: 卤素 AH: 任意原子(含H) QH: 任意非C原子(含H) MH: 任意金属和H XH: 任意卤素和H Query prop: 原子属性列表 Tips: 蓝色标记的目前无功能 S*等同于S Lock S+/S-大多数情况下用的是S6,即SMax |

33 一个很有意思的需求 A B C D

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3 4 检索要求: 1. 吡啶上ABCD4个原子,都可以发生取代 2. 但是AB两个原子不能发生稠环 3. 即左侧1,2,3,4这4个化合物,化合物 4不允许检索到 4. 俗称,锁半环 亚结构可 以检索到 |

34 ? 去除Additional Ring Closure 如果需要所有原子都不可以成环(即可以取代,但不能成环) 去掉后,结 构面板中所 有的原子都 不能成环 |

35 ? 思考:是否允许成环 ? 原子的标记, ? rb*的定义,表示,在进行亚结构检索时,被标记的原子不能在成环 锁半环的解决方案 |

36 ? 当前情况,AB不能成环,CD可以成环,也可以不成环 ? 如果要求CD原子一定成环 案例的衍生…. A B C D |

37 ? 一定成环的条件 ? CD原子上一定会在连接一个非H原子 ? 且该非H原子一定与CD相接的一定是一个环键 ? 所以…… 一定成环的定义 |

38 ? 定义步骤 ? 右键点击需要定义的键,选择Bond Properties ? 在Topology中选择in ring即可 键属性的定义 |