PDF《PatentIn 3.1 使用手册》

April 27,

2001 Version 2.

1 Task Order Number CSC-01-11 生物软件网翻译制作 翻译人 charlson &

zhanglinghui PatentIn 3.1 使用手册 批准人: 项目经理 日期 原作者: Computer Sciences Corporation

2611 Jefferson Davis Highway, Suite 10,000 Arlington, VA 22202-4016 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 档案编号与说明 PatentIn 3.1 使用手册 PTO-OP-07 USPTO 合同 50-PBPT-7-00004 系统开发和维护 任务名称 PatentIn 3.1 任务类型 不连续 任务编号 CSC-01-11 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 版本更新历史 版本号 变更日期 变更原因 变动的页码 批准人签名 N/A 11/10/98 Lockheed Martin Corporation 制作 的原始文档 所有页码 J. Paccassi 1.0 版草稿 06/03/99 CSC 制作的原始 文档 所有页码 J. Paccassi 1.0.版09/16/99 整合了 USPTO 的注释和来自 FQT 的校正 i, ii, 1v, 3-5, 3-6, 4-2, 4-3, 4-5, 4-6, 5-2, 5-3, 5-5, 6-2, 6-4, 6-7, 7-2, 7-3, 8-3 through 8-9 J. Paccassi 1.1 版06/02/00 更新了从 JAVA 变为使用 C++导 致的文档变化 所有页码 J. Paccassi 1.2 版06/22/00 USPTO 整合了 来自 FQT 的校 正3-5, 3-10, 5-4, 5- 10, 6-2, 8-4 J. Paccassi 2.0 版01/26/01 PatentIn 3.1 版发 布 所有页码 J. Paccassi 2.1 版04/27/01 PatentIn 3.1 发布 版的更新 所有页码 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 任务执行概述 本使用手册的内容与 PTO-OP-07 手册的内容并不一致 反而 根据 WPI Task Management Plan (TM02) 2.4.4.4 部分的要求 只能根据最初准备的文档的内容 格式进行更新 本使用手册根据 PTO 的要求进行更新 任务号 CSC-01-11 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 目录 ii 第一部分 .介绍 1-1 1.1 目的.1-2 1.2 惯例.1-2 1.3 概述.1-2 第二部分 操作系统要求和运行 PATENTIN 3.1.2-1 2.1 操作系统要求 2-2 2.2 运行 PATENTIN.2-2 第三部分 启动程序.3-1 3.1 序列窗口 3-2 3.2 任务菜单 3-3 3.3 建立和保存新任务.3-4 3.4 打开任务 3-5 3.5 保存任务 3-6 3.6 浏览工作文件.3-7 3.7 查看工作进度.3-7 3.8 查看序列列表.3-8 3.9 浏览出错报告.3-9 3.10 序列重新命名.3-10 3.11 退出 PATENTIN 3-10 3.12 使用在线帮助.3-10 3.13 消息对话框.3-11 第四部分 任务和专利申请数据 4-1 4.1 申请步骤菜单 4-2 4.2 任务数据.4-3 4.3 优先申请信息 4-3 4.4 申请数据.4-5 4.4.1 个人申请 4-6 4.4.2 单位申请 4-7 第五部分 序列数据.5-1 5.1 序列.5-2 5.1.1 选择标准生物体名称.5-3 5.1.2 搜索序列 5-4 5.1.3 清除窗口内容.5-4 5.2 添加序列.5-4 5.3 导入序列.5-5 5.3.1 PatentIn 3.x 可以导入的多序列数据文件的格式.5-6 5.3.1.1 序列标题.5-6 5.3.1.2 序列数据.5-7 5.3.2 PatentIn 3.1 可以导入的单序列数据文件的格式.5-7 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 目录(续) iii 5.3.2.1 从任务中导入序列.5-9 5.3.2.1 导入 PatentIn 2.1 版的任务.5-10 5.4 拷贝序列.5-11 5.5 粘贴序列.5-11 5.6 删除序列.5-11 5.7 取消删除.5-12 5.8 序列重新排序 5-12 5.9 确认序列.5-13 5.10 保存序列.5-14 5.11 打开保存过的任务 5-14 5.12 添加自定义密码.5-14 5.13 添加自定义生物体名称 5-15 5.14 人工合成序列和未知名称生物体.5-17 第六部分 特征数据.6-1 6.1 序列特征.6-2 6.1.1 选择特征关键词.6-3 6.1.2 修饰碱基必须的其他信息 6-4 6.1.3 编码区的其他信息.6-5 6.1.4 进一步定义 n 或 Xaa 6-6 6.1.5 选择氨基酸名称.6-6 6.1.6 MOD_RES 的其他信息 6-7 第七部分 文献数据.7-1 7.1 文献类型窗口 7-2 7.2 杂志出版物信息 7-3 7.3 数据库出版物信息 7-5 7.4 专利出版物信息 7-6 7.5 论文出版物信息 7-8 第八部分 建立任务中的序列列表文件.8-1 8.1 序列列表文件 8-2 8.2 建立序列列表文件 8-2 8.3 浏览序列列表文件 8-4 8.4 拷贝序列列表到磁盘.8-5 附录 A 缩略词列表.A-1 附录 B 栏标志符

图表及类型 B-1 附录 C 国家代码.C-1 附录 D 核酸三联体密码和单或三字母氨基酸符号对应表 D-1 附录 E 核酸序列特征 E-1 附录 F 氨基酸序列特征.F-1 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 目录(续) iv 附录 G 修饰碱基的特征数据表格 G-1 附录 H 含脂类序列的脂类特征 H-1 附录 I 序列描述栏允许的符号.I-1 附录 J 含修饰碱基序列的其他特征.J-1 附录 K 技术提示.K-1 K.1 MICROSOFT? ACCESS 提示.K-2 K.2 一般提示和要点 K-3 K.3 安装与测试.K-3 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 表格目录 v 表1-1: 文档中的惯例 1-2 表5-1: 序列标题 5-6 表B-1: 栏名称 标志符 大小和类型 B-2 表C-1: 国家代码.C-2 表D-1: 核酸和氨基酸符号对应表.D-2 表E-1: 核酸序列特征.E-2 表F-1: 氨基酸序列特征 F-2 表G-1: MOD_RES 序列特征的第一个数据表格.G-2 表G-2: MOD_RES 序列特征的第二个数据表格.G-2 表H-1: 含脂类序列的脂类其他特征.H-2 表I-1: 序列描述栏允许的符号 I-2 表J-1: 含修饰碱基序列的修饰碱基特征.J-2 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 vi 图目录 图3-1: 序列窗口 3-2 图3-2: 任务菜单 3-3 图3-3: 另存为 窗口 3-4 图3-4: 打开 窗口.3-5 图3-5: 另存为 窗口 3-6 图3-6:工作进程浏览窗口.3-7 图3-7:序列列表浏览窗口.3-8 图3-8:出错报告浏览窗口.3-9 图3-9: 序列重命名窗口.3-10 图3-10: 退出 PatentIn 的窗口 3-10 图3-11: 帮助窗口 3-11 图3-12: 消息对话框 3-11 图4-1: 申请步骤菜单 4-2 图4-2: 任务数据窗口 4-3 图4-3: 优先申请信息窗口.4-4 图4-4: 申请数据窗口 4-5 图4-5: 个人申请窗口 4-6 图4-6: 单位申请窗口 4-8 图5-1: 序列窗口 5-2 图5-2: 生物体名称选择窗口.5-3 图5-3: 添加序列窗口 5-4 图5-4: 序列导入窗口 5-5 图5-5: ASCII 文本格式的样品序列数据.5-7 图5-6: 序列类型选择窗口.5-7 图5-7: 序列导入时的窗口.5-8 图5-8:错误校正窗口 5-8 图5-9: 任务窗口中选择序列.5-9 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 vii 图5-10: 浏览并导入 PatentIn 2.1 版的任务.5-10 图5-11: PatentIn 2.1 任务列表 5-10 图5-12: 编辑菜单 5-11 图5-13: 序列恢复窗口 5-12 图5-14: 序列重新排序窗口.5-13 图5-15: 自定义代码输入窗口.5-15 图5-16: 氨基酸下拉列表窗口.5-16 图5-17: 自定义生物名称输入窗口.5-17 图5-18: 人造序列或未知序列窗口.5-18 图6-1: 特征窗口 6-2 图6-2: 特征名称 / 关键词选择窗口.6-4 图6-3: 修饰碱基的特征名称 / 关键词选择窗口 6-5 图6-4: 含脂类序列的特征名称 / 关键词选择窗口 6-6 图6-5: 含MOD_RES 序列的特征名称 / 关键词选择窗口.6-7 图6-6: 第一个 MOD_RES 下拉列表.6-8 图6-7: 第二个 MOD_RES 下拉列表.6-9 图7-1: 出版物类型窗口.7-2 图7-2: 杂志出版物信息窗口.7-3 图7-3: 数据库出版物窗口.7-5 图7-4: 专利出版物信息窗口.7-6 图7-5: 论文出版物信息窗口.7-7 图8-1: 序列生成窗口 8-2 图8-2: 第二个序列生成窗口.8-3 图8-3: 结果浏览窗口 8-4 图8-4: 拷贝到磁盘窗口.8-5 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 第一部分 介绍 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 1-2 第一部分 介绍 1.1 目的 PatentIn 可以加快建立专利申请中包含的序列列表 可以利用它输入序列 验证数据 建立 序列列表文件 并能打印或保存到其他移动介质中以便提交申请 本手册介绍如何使用 PatentIn 1.2 惯例 本手册使用了一目了然的符号提示和标准按键操作 使用的惯例见下表 1-1 表1-1: 文档中的惯例 符号 含义 举例 利用鼠标点击 左键单击菜单中的 Open 命令 按键盘上的按键 在编辑栏进行输入文字 粗体 文件名 菜单项或功能键名称 点击 Exit. i i 对用户的提示 i i 提示: 此栏必须填写 1.3 概述 设计 PatentIn 的目的是加快向美国专利与商标局(USPTO)申请包含核酸或多肽序列的专利 的过程 PatentIn 遵循所有世界知识产权组织 World Intellectual Property Organization Standard WIPO) ST.25 和相关的美国法规要求的文件格式 如Requirements for Patent Applications Containing Nucleotide Sequence and/or Amino Acid Disclosures 程序可以运行于 Windows

95 Windows

98 Windows NT 和Windows

2000 窗口显示为英语 因为 PatentIn 生成的序列文件符合 ST.25 的要求 因而适用于全球范围 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 1-3 为保持易用性 程序设计中遵循标准的用户窗口 PatentIn 中包括下列工具 ? 序列编辑器 序列编辑器是 PatentIn 中的基本工具 可以在其中输入 修改核酸或蛋白质序列 也可以从其他编辑器或 Word 前提是保存为 ASCII 文本文件 导入序列列表文档 使用 PatentIn 时 可以随时输入任意顺序的数据 也可以添加 删除 修改序列数 据 还可以保存未完成的任务待以后完成 PatentIn 对任务是否存在或存在于什么机 器或设备上没有要求 用户可以自由通过 email 发送到客户端或互相邮寄以便浏览 或更新 ? 序列生成器 输入专利申请所需的所有数据后 PatentIn 就可以生成申请文件了 申请文件是计算 机可读的 并符合 ST.25 规范的序列列表文件 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 第二部分 操作系统要求和运行 PATENTIN 3.1 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 2-2 第二部分 操作系统要求和运行 PATENTIN 3.1 2.1 操作系统要求 PatentIn 是可以独立运行的程序 可以从美国专利与商标局(USPTO)的网站上下载 运行于 Windows 95/98/NT/2000 系统中 推荐至少有

64 MB 内存 对于巨大的专利申任务需要更 多的内存 对于象包含 100,000 条序列或一条序列达到 1M 大小的申请 至少需要

128 MB 内存 PatentIn 3.1 需要的硬盘空间是 2.5 MB 另外需要额外的空间以保存任务文件和序列 列表文件 如果想使用导入 PatentIn 2.1 版任务的功能 还需要安装 Micrsoft? Access 及其 部分扩展功能 如只是导入序列文件 则没有此要求 要使 PatentIn 正常工作 环境变量 TMP 要被设置为指向一个已经存在的目录 而环境变 量 PATH 路径中也必须设置为包含 DOS 备份命令 不过多数情况下在 Windows 中安装完 成后都符合这些要求 i i 对巨长序列或大量序列用户的提示 USPTO 找到一个非常适用于非常大的文本文件的程序 其安装后

60 天内有效的试用版可以从 www.fileviewer.com 下载程序名称为 V 版本号为

2000 SR-1 PTO 用60MB 和120MB 大的文件进行了测 试 结果 非常棒 也应该可以处理任意大小的文件 PTO 是在膝上型计算机 Win98 环境下进行测试的 安装时可能需要管理员权限 2.2 运行 PATENTIN PatentIn 为单台计算机安装所设计 需要的话可以下载到个人电脑上 而任务文件可以在 其他地方保存 程序可以从 USPTO 网页上下载 地址是 ftp://ftp.uspto.gov/pub/patentin/patentin3116.exe 点击链接即可以下载 PatentIn 3.1 然后安装 到计算机上 完成安装后 桌面会出现一个 PatentIn 3.1 图标 鼠标左键双击图标 就可以 运行 PatentIn 3.1 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 第三部分 启动程序 April 27,

2001 Version 2.1 Task Order Number CSC-01-11 3-2 第三部分 启动程序 3.1 序列窗口 鼠标双击 PatentIn 3.1 程序图标 出现序列输入窗口 S........