PDF《3.2.2. 化合物结构数据库》

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2.2. 化合物结构数据库 服务介绍: 本数据库包括化合物的二维和三维结构、 SRN(化合物唯一编号)、 化合物的物化性质. 用户通过全结构检索, 子结构检索以及模糊结构检索可查出目标化合物的物化性质、二维和三维结构. 由于结构输入和显示均需要 java applet 插件,因此用户的浏览器请勿禁用 java 程序. 名词与概念: (全)结构检索 检索与用户输入的提问结构完全一致的目标化合物. 子结构检索 子结构检索是指检索某一类相同结构片段化合物,检索得到的这类化合物都拥有某些结构 上的共同特征,我们将这些共同特征结构片断称为 子结构 . 模糊结构检索 将用户输入的提问结构作为一个结构片断,设置目标化合物的其他结构特征,包括结点 属性、键属性和环系统属性、分子式结构、立体中心属性、重复单元数等.检索分子骨架包含用户输入的提问 结构,并且符合其他结构特征的目标化合物. 特征结构检索 用户设置目标化合物的结构特征,包括结点属性、键属性和环系统属性、元素组成式、 立体中心属性、重复单元数等各项指标的数值,检索符合此类结构特征的目标化合物. SRN 通过化学结构比较和登录确认的化合物唯一编号,使用中科院上海有机化学研究所开发的化合物 登录系统进行登录处理.编号为数字格式,从1开始自动编号. 结点属性 把一个化合物分子当成一个二维的拓扑图来看待,忽略普通的氢原子,其他的原子就是分子 图的结点.结点属性包括了非氢原子的总数,还包括了每个结点的连接度等属性,以及是否有氘和氚等氢同位 素.结点的连接度就是跟一个结点原子直接连接的其他结点的数目.例如乙烷的

2 个碳原子的结点连接度都是 1,而环己烷的结点连接度都是 2. 键属性 键属性是指化合物中化学键的类型,包括单键、双键、三键、交替键和互变键等.考虑到原子 的电荷(正电荷或负电荷)均会影响原子的成键数目,因此将电荷列在键属性项下. 环系统属性 包括分子图中环的个数、每个环系统的环结点计数、每个环系统的 SSSR(最小环集的最小 集)和每个环系统的小环数等. 重复单元 聚合物的重复单元(repeating unit) . 3.2.2.1 化合物检索 所谓化合物检索,就是通过化合物英文名称、CAS 号、SRN 号和分子式等化合物的关键字在数据库中查询 到匹配的化合物. 检索示例 例1, 输入化合物名称 ethanol 精确检索,见图 3.2.2.1,即可得到化合物名称为 ethanol 的目标化 合物记录

1 条,见图 3.2.2.2. 图3.2.2.1 化合物名称的精确检索(例1) 图3.2.2.2 化合物名称的精确检索结果(例2) 例2, 输入化合物名称 ethanol 进行模糊检索,见图 3.2.2.3,即可得到名称中包含 ethanol 的目标

25 化合物记录

100 条,见图 3.2.2.4.注意:本系统约定,当检索命中的目标化合物记录超过

100 条的时候,只取前面

100 条记录显示. 图3.2.2.3 化合物名称的模糊检索(例2) 图3.2.2.4 化合物名称的模糊检索结果(例2) 例3, 输入 CAS 号 64-17-5 ,或者

64175 ,进行检索,见图 3.2.2.5,提交检索即可得到 CAS 号为

64175 的化合物纪录

1 条,见图 3.2.2.6.注意:本系统会对用户输入检索的 CAS 号进行 正确性验证,如CAS 号包括其他字符,将会报告 CAS 号错误,请返回 的提示. 图3.2.2.5 化合物的 CAS 号检索(例3) 图3.2.2.6 化合物的 CAS 号检索结果(例3)