PDF《3.2.2. 化合物结构数据库》

26 例4, 输入 SRN 号码

102557 ,检索 SRN 号码为

102557 的目标化合物,见图 3.2.2.7 和图 3.2.2.8. SRN 号码和 CAS 号不存在模糊检索问题,系统缺省为精确检索. 图3.2.2.7 化合物的 SRN 号码检索(例4) 图3.2.2.8 化合物的 SRN 号码检索结果(例4) 例5, 输入分子式 C15H12O , 可检索分子式为 C15H12O 的目标化合物. 见图 3.2.2.9 和图 3.2.2.10. 点击化合物名称的连接, 即可查看化合物的属性, 例如查看图 3.2.2.10 中的 SRN 号码为

547962 的化合物, 如图3.2.2.11 所示. 图3.2.2.9 化合物的分子式检索(例5) 图3.2.2.10 化合物的分子式检索结果(例5)

27 图3.2.2.11 化合物的属性页面 查看三维结构 化合物属性页面下方,系统为用户提供化合物查看三维结构的功能,点击三维结构的超链接即可弹出一个 新页面,如图 3.2.2.12 所示. 图3.2.2.12 准备查看化合物的三维结构 用户第一次查看化合物的三维结构之前,必须先安装 VRML 浏览器插件,请按如下步骤进行: 第一步:点击图 3.2.2.12 的下载的超链接,将安装程序包下载保存到本地电脑. 图3.2.2.13 下载保存 VRML 安装程序包 第二步: 用winzip 或者 winrar 等解压缩软件对该压缩文件进行解压缩, 将安装程序释放到本地电脑. 注意, 如果未解压缩就点击安装,可能会出现安装失败的结果.

28 图3.2.2.14 解压缩之后的 vrml 安装程序 第三步:双击运行安装程序,程序会自动完成安装,不需要进行额外的配置.用户可以打开文件夹的文件 夹选项中,点击 文件类型 活页,找到扩展名为.vrml 的文件类型,打开方式是网页浏览器.如图 3.2.2.15 所示. 图3.2.2.15 vrml 安装完成后的文件类型 安装完成之后,即可选择图 3.2.2.12 中的三维结构的显示方式:显示 H 原子,不显示 H 原子. 点击其中一种显示方式,浏览器就会跳出一个文件下载窗口,如图 3.2.2.16 所示.注意:文件名的扩展名 是 .vrl ,文件类型与图 3.2.2.15 中一致,如果文件扩展名和文件类型不同,就表示插件安装失败. 图3.2.2.16 打开 vrl 文件 按照图 3.2.2.12 的提示,直接选择 打开 ,系统将会弹出一个新窗口,窗口里的内容就是化合物的三维结 构,如图 3.2.2.17.窗口周围的按钮功能如图所示,点击该按钮,然后在窗口中移动鼠标即可(窗口太小的时候, 所有的按钮缩写为其首字母) .

29 图3.2.2.16 查看化合物的三维结构 最常用的三维结构查看步骤: 1) 点击 Zoom Out 按钮,将图形调整到默认大小,并定位在窗口中央;

2) 点击 Study 按钮, 在窗口里按住鼠标左键即可旋转观察图形;

3) 如果觉得图形大小不适合,可点击 Walk 按钮,等鼠标变成 形,按住鼠标左键在窗口中上下拖动, 即可对图形大小进行缩/放.向上拖动为放大,向下拖动为缩小;

4) 如有图形调整需要重复 2)-3)即可. 3.2.2.2 化合物结构检索 基本原理 用户在页面上输入化合物的二维结构,或者上传化合物的 MOL 文件(可用 MDL 公司的 ISIS DRAW 软件绘制结构,导出为 MOL 文件),检索与之结构完全一致的目标化合物. 检索过程第一步:输入化合物的结构 输入化合物的结构有

2 种方法,第一种是在页面上通过绘图软件绘制结构图形然后提交检索即可,如图 3.2.2.17 所示(例6) . 图3.2.2.17 输入分子结构进行检索(例6) 第2种方法是上传化合物的 MOL 文件,提交检索,如图 3.2.2.18 所示(例7) . 用户注意:本系统只接受 MDL 公司规定的结构图 MOL 文件,其他化学绘图如 ChemOffice 生成的 MOL 文 件目前无法解析. 用户可以用 MDL 公司免费的 ISIS DRAW 软件 (http://202.127.145.134/download/isisdraw23.exe) 绘制化合物结构,然后导出 MOL 文件,如图 3.2.2.19 所示.