PDF《基于 26S rD NA D1Π》

113 PCR扩增 基因组 DNA 提取参照文献 [7 ,8] .酵母 26SrRNA 基因 D1Π D2 区序列扩增引物 NL21Π NL24 [7] 由上海生工公司合成 (正 向引物 :5′ 2GCATATCAATAAGCGG AGG AAAAG 23′ ;

反向引物 5′

2 GGTCCGTGTTTCAAG ACGG 23′ ) . PCR 扩增条件[7 ,8] :

94 ℃ 5min ;

94 ℃1min ,52 ℃1min ,72 ℃90s ,36 个循环 ;

72 ℃10min.

114 序列测定 纯化后的 PCR 产物采用 ABI3700 基因测序仪测序.测 序工作由上海基康生物工程有限公司完成.

115 序列分析与系统树的构建 采用序列图谱分析软件 Chromas ,参照正、 反向序列图 谱 ,对 序列进行人工校对;

用Clustal X 进行序列比对(alignment) ;

然后利用 MEG A311 的Neighbor2Joining 法(NJ) 构 建系统发育树 ,并进行

1000 次Bootstraps 检验.

2 结果

211 PCR扩增及序列测定 提取的 DNA 片段大于 23kb ,满足 PCR 扩增的需求.提 取的基因组 DNA 稀释 50~100 倍后用作 PCR 扩增的模板 ,菌株26S rRNA 基因 D1Π D2 区目的扩增条带大小约 600bp .序 列测定由上海基康生物工程有限公司完成. 表1菌株编号及信息 Table

1 The number and information of strains Number CICC number Collection date History Applications

1 1315

1961 ← Neimeng Institute of Light Industry ← Institute of Microbiology , Chinese Academy of Sciences ← Dalian Academy of Sciences Feed yeast

2 1326

1960 ← China National Paper Research Institute ← Soviet Russia Feed yeast

3 1364

1959 ← China National Paper Research Institute ← Soviet Russia Oleaginous yeast

4 1404

1961 ← Wuhan , China Research

5 1409

1961 ← Sun Yat2Sen University Research

6 1410

1961 ←Institute of Microbiology , Chinese Academy of Sciences ← Institute of Plant Physiology , Chinese Academy of Sciences ← America Protein feed

7 1443

1968 ← Xinjian County , Jiangxi Provence Feed

8 1720

1979 ← Shanghai Institute of Brewing Industry Research

9 1721

1979 ← Shanghai Institute of Brewing Industry ← Wuhan , China Research

10 1739

1979 ←Sichuan Academy of Food and Fermentation Industries ← Neimeng Institute of Light Industry Research

11 1740

1979 ←Sichuan Academy of Food and Fermentation Industries ← Dongfeng Medicine Factory of Chengdu Research and produce

12 1742

1979 ← Shanghai Institute of Industrial Microbiology Research

13 1743

1979 ← Shanghai Institute of Industrial Microbiology Research

14 1744

1979 ←Jiangmen Sugarcane Chemical factory , Guangdong ← Institute of Microbiology , Chinese Academy of Sciences Research and produce

15 1745

1979 ← Neimeng Institute of Light Industry ←Institute of Microbiology , Chinese Academy Protein feed

213 系统发育分析 构建了

15 株白地霉 26S rRNA 基因 D1Π D2 区的系统发育 树 ,序列一致长度为

529 bp.15 个菌株与白地霉模式菌株 Galactomyces geotrichum NRRL Y

217569 T 26S rRNA 基因 D1Π D2 区序列相似性为

9613 %~9813 %.其中

13 个菌株间 (图1) 的序列相似性为

99 %~100 %(表1中菌株

1 和4~15) ,与模 式菌株 Galactomyces geotrichum NRRL Y

217569 T 的序列相似性 为9613 %~9711 % ,同时与地霉属其它种相似性最高的是 Galactomyces citri2aurantii NRRL Y

217913 T [11] 和Galactomyces reessii NRRL Y

217566 T [11] ,序列相似性分别为

9413 %~9415 % 和9514 %~9516 % ,远低于 26S rRNA 基因 D1Π D2 区种间相似 性99 %的界限 [8] .另2个菌株 (CICC

1326 和CICC 1326) 间 相似性为

9913 % ,与模式菌株 Galactomyces geotrichum NRRL Y