PPT《大型机使用手册》

大型机使用手册 快速使用指南 用户软件环境加载可加载的软件环境列表可以在命令行使用下面的命令获取或查看本手册后续部分module avail由用户根据自己使用的shell在下列文件中通过 module load / unload命令来加载/卸载自己所需要的运行环境.

bash_profile/.bashrc (bash shell ).cshrc/.tcshrc (csh / tcsh).kshrc (ksh)可以在命令行使用下面的命令,获取自己使用的的shell 信息echo $0示例shell为bash,希望登录后自动加载mvapich2, ncl, netcdf, grads等的软件环境信息,则把下列命令添加到~/.bashrc中module load mvapich2 netcdf ncl GrADS 快速使用指南 加载注意事项编译器模块必须第一个加载如需要的环境与系统缺省设置不一致,先用下面命令清除,再加载需要的环境module purge加载编译器后,再加载其他的应用模块有依赖关系的模块,在加载时需要注意先后顺序,例如ncl/6.1.2依赖hdf5/1.8.11, netcdf/4.3.0netcdf/4.3.0依赖hdf5/1.8.11其加载顺序为module load hdf5/1.8.11 netcdf/4.3.0 ncl/6.1.2加载缺省版本模块时,可以不用指明版本号可通过env命令来查看模块加载后进行的相关设置,例如,模块的安装位置,有关的环境变量设置等 快速使用指南 PBS脚本设置以下PBS指令为必需指令#PBS CP project_no (项目号)#PBS -q queue_name (队列名)#PBS -l walltime=hh:nn:mm (墙钟限制)PBS脚本中MPI程序运行方式mpirun -np nproc my_mpi_app.exe注意: 1. 不需要指定--hostfile 参数 2. 现在启用了墙钟限制,脚本有可能需要根据相应的墙钟限制进行调整,避免由超时造成强制中断而的问题示例脚本在 /nuist/p/public/app/scripts/pbs_example 快速使用指南 目录设置/nuist/u/home/$LOGNAME ( 用户主目录, 个人配额10G)/nuist/p/work/$LOGNAME (用户工作目录, 个人配额500G)/nuist/scratch/$LOGNAME (用户临时目录, 个人配额5T)/nuist/p/public/app (常用软件包安装目录,例如:NetCDF, NCL等)/nuist/p/public/data (共用数据存放目录,例如:WRF地形数据等)系统预定义的目录环境变量$TEMPDIR /nuist/scratch$WORKDIR /nuist/p/work$APPDIR /nuist/p/public/app 一 系统简介 集群计算节点308台两路六核IBM HS22刀片服务器,共3696个核存储一个38TB高速SAS硬盘做成/nuist/u/home ( 8.4 T )/nuist/p/public (

30 T )一个706TB近线SAS硬盘做成/nuist/p/work (

214 T )/nuist/scratch (

492 T ) 二 存储空间设置 卷功能 配额 删除策略 备份 /nuist/u/home 10G/用户 不做删除 备份 /nuist/p/work 500G/用户 当文件系统的可用空间低于10%的时候将删除一定时间以上的文件(如90天) 不备份 /nuist/scratch 5T/用户 当文件系统可用空间90天的当文件系统可用空间30天的当文件系统可用空间7天的 不备份 /nuist/p/public 不做删除, 用于保存共用的基础数据,例如地形数据等 备份 磁盘空间配额使用查询 mmlsquota Cu username 三 运行环境设置 编译器Intel 11.1.046 / 12.1.0.233PGI 11.7 / 13.3GNU 4.4.6 / 4.7.2 / 4.8.2并行环境OpenMPI 1.4.3 / 1.6.5MVAPICH2 2.0b软件环境管理Environment Modules 3.2.10 三 运行环境设置 软件包/库安装位置 /nuist/p/public/app /nuist/p/public/data /usr/lib64 /usr/include /usr/bin 三 运行环境设置 已安装的软件包/nuist/p/app 名称 版本 编译器实现 CDO 1.6.2 NCL 6.1.2 Intel, GNU, PGI NCO 4.3.7 NCVIEW 2.1.2 VIS5D+ 1.2.1 GrADS 1.8, 1,9, 2.0.2 OpenGrADS 1.10, 2.01 三 运行环境设置 已安装的软件包/usr/bin 名称 版本 编译器实现 ImageMagic 6.5.4.7 三 运行环境设置 已安装的库/nuist/p/public/app 名称 版本 编译器实现 BLAS