PPT《大型机使用手册》

20110419 Intel, GNU, PGI BUFR 10.2.3 Intel, GNU, PGI EMOSLIB

000392 Intel, GNU, PGI G2CLIB/G2LIB 1.4.0 Intel, GNU, PGI GDAL 1.10.1 GRIB_API 1.11.0 Intel, GNU, PGI HDF4 4.2.9 Intel, GNU, PGI HGF5 1.8.11 Intel, GNU, PGI HDF-EOS2 2.18V1.00 HDF-EOS5 1.14 三 运行环境设置 已安装的库/nuist/p/public/app 名称 版本 编译器实现 LAPACK 3.3.1 Intel, GNU, PGI NETCDF 3.6.3, 4.3.0 Intel, GNU, PGI PROJ 4.8.0 UDUNITS 2.1.24 W3LIB 2.0.2 Intel, GNU, PGI 三 运行环境设置 已安装的库/usr/lib64 名称 版本 编译器实现 JAPSER 1.900.1 JPGE 6b PNG 1.2.46 ZLIB 1.2.3 CAIRO 1.8.8 FREETYPE 2.3.1 PIXMAN 0.18.4 EXPAT 2.0.1 CURL 7.19.7 FONTCONFIG 2.8.0 三 运行环境设置 已安装的库/nuist/p/public/app/intel/Compiler/11.1/046/mkl/lib/em64t 名称 版本 编译器实现 Intel 数学核心库 11.1.046 三 运行环境设置 用户环境变量设置列出加载的模块 C module list加载可用的模块 C module avail加载指定的模块 C module load卸载指定的模块 C module unload切换不同的模块 C module swap 三 运行环境设置 目录环境变量$TEMPDIR = /nuist/scratch$WORKDIR=/nuist/p/work$APPDIR=/nuist/p/public加载自己所需要的模块在下列文件中通过 module load / unload命令来加载/卸载自己所需要的运行环境 .bash_profile/.bashrc.cshrc.kshrc例如: module load netcdf ncl ncview GrADS 三 运行环境设置 使用module命令时的注意事项如果只使用模块名而没有指定版本,则所有操作都是针对缺省版本当使用module swap反复切换编译器模块时,会引起segmentation fault问题.当需要对编译器进行反复切换时,建议使用module unload / module load来进行操作module 命令加载的是系统缺省设置的运行环境变量,用户自己的设置,仍然需要通过设置用户主目录下的.bashrc / .bash_profile / .cshrc等来实现 三 运行环境设置 Module 使用示例[jliu@log02 ~]$ module listCurrently Loaded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 2) mvapich2/2.0b[jliu@log02 ~]$ module swap mvapich2 openmpi[jliu@log02 ~]$ module listCurrently Loaded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 2) openmpi/1.6.5[jliu@log02 ~]$ module load ncl netcdf[jliu@log02 ~]$ module listCurrently Loaded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 3) ncl/6.1.2 2) openmpi/1.6.5 4) netcdf/4.3.0 三 运行环境设置 [jliu@log02 ~]$ module listCurrently Loaded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 3) ncl/6.1.2 2) openmpi/1.6.5 4) netcdf/4.3.0[jliu@log02 ~]$ module swap netcdf/4.3.0 netcdf/3.6.3[jliu@log02 ~]$ module listCurrently Loaded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 3) ncl/6.1.2 2) openmpi/1.6.5 4) netcdf/3.6.3 三 运行环境设置 Fortran 编译命令Intel : ifortGNU: gfortranPGI : pgf90/pgf77/pgfortranC 编译命令Intel : iccGNU: gccPGI : pgccC++编译命令Intel : icpcGNU : g++PGI : pgCCMPI编译命令Fortran : mpif90, mpif77C: mpiccC++ : mpic++, mpicxx 四 作业管理 1)队列设置 队列类型 说明 Regular 最多使用512个核,每个用户最多可同时运行2个任务,同时提交5个任务 Economy 最多使用512个核,每个用户最多可同时运行2个任务,同时提交5个任务 Longtime 最多使用336个核,每个用户最多可同时运行1个任务,同时提交2个任务 四 作业管理 2)墙钟限制 队列类型 墙钟限制 Regular 12小时 Economy 24小时 Longtime 无墙钟限制 五 账户管理规则 1)账号申请项目负责人填写 计算资源申请表 申请资源项目成员填写 高性能计算机账号申请表 开通其个人账号.项目负责人指定各成员可以使用的记账账号,开通/停止项目成员账号由项目负责人(或相关授权人员)提出每个人拥有独立的大型机用户账号只有有效的项目号和在该项目号下有效的成员才能提交作业 五 账户管理规则 超级计算机计算资源申请表 姓名 院系 电话 电子邮件 计算项目类别 个人项目 业务项目 部门项目 计算项目号 计算项目描述 起止时间 年度配额(万核・小时) 配额估算依据 申请人:填表人:日期:填表说明:个人的计算项目号格式为 P+工号+三位数字(第一个为001, 第二个为002,... ).业务/部门项目的姓名为实际运行的业务或部门名称,计算项目号由超算中心统一安排,起止时间不用填写.项目描述要注明实际的科研项目及所用到的的模式或软件.年度配额仅为预申请配额,最终核准的配额要根据计算机的实际年度计算能力协调分配. 五 账户管理规则 超级计算机账号申请表 姓名 学号/工号 预设账号 电话 电子邮件 院系 用户类别 教师 学生 合作、访问学者 计算项目号 有效期 项目主管人 申请人:日期:填表说明:校内教师和学生需填写学号/工号;